К 7 августа 1842 года все приготовления завершились, и в этот день школа открылась для занятий. Сначала было шесть учеников и два преподавателя – сам Якушкин и законоучитель Знаменского. К концу года количество учащихся достигло сорока двух. Занятия происходили четыре раза в неделю по четыре часа ежедневно: два часа поутру и два – после обеда.

С этого времени, по рассказам ученицы Якушкина А. П. Сазанович, «все остальные занятия Ивана Дмитриевича отодвинулись на задний план». Он присутствовал на уроках, руководил работой «старших» учеников, систематически проверял знания и выступал в активной роли не только учителя, но и воспитателя. Школа помещалась в просторном одноэтажном здании с высокими и светлыми комнатами. Классное помещение оформили по ланкастерской системе: около стены на небольшом возвышении учительская кафедра; против нее, во всю длину комнаты – парты на несколько учеников каждая. Первые два ряда представляли собой неглубокие плоские ящики, засыпанные песком, снабженные палочками для писания и линейками для разравнивания песка; здесь сидели начинающие обучаться грамоте. Следующие два ряда имели аспидные доски с грифелями и губками для стирания; сюда садились более подготовленные. Последние ряды парт имели чернила и предназначались для «старших классов». Около стен располагались несколько железных полукругов, которые особыми крючками пристегивались к стенам петлями: сюда становились группы учащихся для устных занятий под руководством «старших». По стенам были развешаны таблицы, а венчал убранство самодельный глобус над кафедрой учителя.

В дни занятий классная комната наполнялась разновозрастными учениками, которых красочно описывает один из бывших воспитанников ялуторовской школы: «Каких только не было тут костюмов, начиная с франтовской курточки барича, сына губернского прокурора… до двух татарчонков с чисто выбритыми головами в своих национальных костюмах. Были два брата в казацких казакинах и босые; был тут и Васильев в разорванном халате и в сапогах с каблучками на манер бочоночков». Учились сыновья городских жителей, учились крестьянские дети из ближних и более отдаленных деревень. Бывали случаи, когда родители привозили сыновей из Кургана и даже из Тобольска.

Школа начала свою деятельность скромно: русская грамматика и латинский язык – для подготовки мальчиков к духовной семинарии. Постепенно Якушкин расширял программу: ввел арифметику, затем начатки геометрии, механику, географию и русскую историю, греческий язык, чистописание, черчение и рисование. Он настраивал учеников на получение естественно-научного образования и со временем ввел преподавание ботаники и зоологии. Объем сообщаемого материала не мог уложиться в два года, и Якушкин сделал курс четырехлетним. Все предметы преподавались по методу «взаимного обучения». Ланкастерская система соблюдалась неукоснительно.

Иван Дмитриевич очень внимательно относился к каждому. Он не ставил себя в положение сурового мэтра; во время перемен не уходил от учеников, старался отвечать на их вопросы, затевал игры во дворе. Его нравственный облик оказывал на детей глубочайшее влияние. По воспоминаниям очевидцев, «дети его, мало того любили, просто обожали и нисколько не боялись». Рассказывает его ученица О. Н. Балакшина: «Весной, летом и осенью после занятий шли в поле, и Якушкин рассказывал на примере жизнь природы, так как он был хорошим ботаником».

Сохранились собственноручные конспекты Ивана Дмитриевича по ботанике и зоологии. Это извлечения из его научных записок, приспособленные для преподавания. Якушкин пользовался своим гербарием, демонстрировал изображения различных животных, давая их систематическое описание, разбирая их анатомическое строение, выявляя деление на «отделы» и «порядки», «классы» и «семейства». В школьную программу входило рисование животных и растений. Полевые занятия, ставшие решительным отступлением от ланкастерской системы, вносили живую струю в непосредственную связь между учителем и учениками, раздвигали кругозор учащихся.