Ялуторовская школа резко контрастировала с порядками в уездных и городских училищах. Отсутствие телесных наказаний ставило ее в совершенно необычное положение. Якушкин пользовался исключительно методами нравственного воздействия. Только в самых крайних случаях прибегали к высшей форме наказания: на провинившегося надевали «лентяя», сделанного из бумаги и лент. А выдвинувшийся вперед школьник украшался похвальным ярлыком. Такое сочетание талантливых педагогических приемов делало школу привлекательной и любимой. «Дети собирались в школу как на праздник, – рассказывала А. Н. Сазанович. – Мы учились шутя и нисколько не считали трудом нашу науку».

Вскоре слава о ялуторовской школе разнеслась по всей Тобольской губернии. Количество учеников неизменно возрастало: к концу 1845 года здесь училось уже 102 человека. За пятнадцать лет, с момента открытия и вплоть до отъезда Якушкина, в школе перебывало 594 мальчика. Ежегодно поступало от 25 до 60 человек, оканчивали курс от 15 до 55 учащихся. Население Ялуторовска гордилось своей школой, и популярность Якушкина быстро выросла в глазах сибирского населения.

Однако формально положение Якушкина оставалось неустойчивым и даже опасным. В гражданском отношении он был бесправен – «государственный преступник», лишенный прав и сосланный на поселение. Закон запрещал ему не только руководить школой, но и давать частные уроки отдельным ученикам. Приходилось прибегать к помощи С. Я. Знаменского, который официально считался заведующим ялуторовским училищем. Это положение породило затяжную борьбу с уездной и губернской администрацией. 2 ноября 1842 года И. И. Пущин, всегда поддерживавший Якушкина, писал ему из Тобольска: «Вы нам ничего не говорите о Ваших школьных делах, между тем Михаил Александрович (Фонвизин. – Н. М.) стороной узнал, что снова было нападение от Лукина (смотрителя уездного училища. – Н. М.) и что по этому акту губернатор писал городничему о запрещении Вашей учебной деятельности…. Вывод из этого один: признавая в полной мере чистоту Ваших намерений, я, вместе с тем, убежден, что не иначе можно приводить их в действие, в нашем положении, как оставаясь за кулисами или заставляя молчать тем или другим способом тех, которые могут препятствовать. Во всяком случае легально нельзя доказать своего права быть Ланкастером в Сибири, и особенно когда педагоги уездные не задобрены рюмкой настойки».

Как раз в это время с ревизией в Западную Сибирь прибыл сенатор Н. Толстой, хорошо знакомый со многими декабристами, в том числе и с Якушкиным. Он оказал давление на тобольского губернатора, обеспечив Ивану Дмитриевичу временную «передышку». На унылом фоне сибирской жизни ялуторовская школа – «незаконное детище» сосланного декабриста – была отрадным явлением. В Ялуторовск началось истинное паломничество из разных уголков Тобольского края. Приезжали смотрители уездных училищ из Кургана, Ишима и Тобольска, командировались рядовые учителя для постижения ланкастерской системы. Даже директор местной гимназии, архиерей и губернатор Тобольска навестили школу. Впечатление оставалось неизменно благоприятным. В конце 1842 года смотритель Курганского уездного училища писал Знаменскому: «Господин директор, я от Вашей школы в восхищении, считаю ее образцовой не только в городе, но даже в Сибири… Радуюсь за Вас, радуюсь и тому, что дело правое торжествует и низкие доносы падают».

В мае 1846 года до И. Д. Якушкина дошло известие о смерти его жены Анастасии Васильевны Шереметевой. Под сильным впечатлением от этого события он решил, при поддержке С. Я. Знаменского, открыть новую, первую в Сибири женскую школу – в память о жене. Снова была развернута общественная пропаганда; декабристская артель приняла в кампании самое живое участие. Собрали деньги, и начались хлопоты перед тобольскими властями. С разрешения архиерея, под видом «духовного приходского училища для девиц всех сословий», женское учебное заведение заработало. Местная купчиха Мясникова дала большую сумму на постройку нового школьного здания. Сам Якушкин, руководствуясь своим четырехлетним опытом, разработал новую программу, снабдив ее дополнительными таблицами. К организации дела были привлечены женщины Ялуторовска – жена Матвея Ивановича Муравьева-Апостола и жена местного исправника Ф. Е. Выкрестюк.