Школа открылась 1 июля 1846 года: сначала в ней было только 25 учениц, но к 1850-му их стало уже 56. Сначала девочки обучались грамоте, затем проходили русскую грамматику, первую часть арифметики, краткий катехизис, географию и историю. Ввели и новые специальные предметы – рукоделие и французский язык. Для оправдания титула духовного училища преподавали и «священную историю», и «изъяснение литургии». Женская школа обратила на себя внимание Министерства внутренних дел, которое под давлением многочисленных ходатайств сосланных декабристов, в особенности М. А. Фонвизина, вынуждено было признать «полезность ялуторовской женской школы» и «определить на ее содержание по 200 рублей серебром ежегодно из городских средств». Якушкин пробивал дорогу женскому образованию в далеком сибирском захолустье, когда еще и в столицах Российской империи не стоял вопрос о допуске женщин к высшему образованию. И. И. Пущин с гордостью писал другу-декабристу Матвею Муравьеву-Апостолу: «Иван Дмитриевич с ланкастерией во главе моих рассказов об Ялуторовске».

Тем не менее опасность для существования ялуторовской женской школы сохранялась, усугубившись с переводом в Ялуторовск нового смотрителя уездного училища Абрамова. Он занял крайне враждебную позицию и начал писать доносы. Насколько тревожное создалось тогда положение, показывает письмо, отправленное Якушкину священником Знаменским 12 октября 1850 года: «Любезный друг, Иван Дмитриевич! На прошлых неделях стало ясно о затруднительном положении насчет ялуторовских наших училищ, которые приказано закрыть… меня призвал к себе архиерей… отношение мое с консисторией самое невыгодное… Пожалуйста, не оскорбляйтесь этим письмом – говорить и мне больно и вам слышать тяжело… Мысленно обнимаю Вас, поклонитесь от меня всем. Прощайте, будьте здоровы; знакомые Ваши кланяются. Письмо это истребите». Якушкину самому пришлось отправиться в Тобольск; тамошние декабристы оказали ему самое энергичное содействие. Под их давлением директор тобольской гимназии Чигиринский перевел злобного Абрамова в Тюмень, заменив его более лояльным смотрителем.

Школы уцелели, но Якушкину строго-настрого запретили преподавать. К счастью, к этому моменту его детище уже достаточно окрепло. Усилиями Якушкина были подготовлены новые преподаватели: в мужском училище уроками руководил диакон Е. Ф. Седачев; в женском – только что окончившие курс ученицы: Августа Павловна Сазанович и старшая дочь купца Балакшина Анисья Николаевна. По свидетельству П. Н. Свистунова, за Якушкиным осталось заочное руководство школами, которое вполне обеспечивало успешное выполнение выработанного плана.

Однако наветы не прошли даром. В годы «николаевской реакции», после 1848 года, школа для мальчиков превратилась из серьезного образовательного центра в одногодичный подготовительный класс при уездном училище, что повлекло за собой немедленное сужение школьной программы. Детище декабриста не выдержало испытания судьбой. Подводя итог своей педагогической и просветительской деятельности, Иван Дмитриевич писал: «Несколько сот мальчиков из крестьян, мещан, солдатских детей, перебывавших в Ялуторовском духовном училище, читая сотни таблиц и писавши ежедневно со слов старшего или наизусть то, что они перед тем читали, научились порядочно читать, писать и считать, сверх того, во время пребывания своего в училище они очевидно осмыслились; но для них было бы несравненно полезнее научиться читать и писать и осмыслиться по таблицам, содержащим основные принципы предмета им более близкого по их положению и состоянию. Тогда приобретенные ими знания не пришлось бы им впоследствии забыть, как большая часть учеников забывает русскую грамматику и другие предметы, им преподаваемые в низших учебных заведениях».