Неудовлетворенные половинчатостью проводимых правительством реформ, народовольцы выносят начавшему их царю Александру II смертный приговор и, начиная с выстрела Каракозова 4 апреля 1866 г., неоднократно пытаются привести его в исполнение. К политике регулярного террора Третье отделение оказалось совершенно неготовым и так и не смогло его пресечь. Дело дошло до того, что в 1878 г. революционеры убили самого шефа Корпуса жандармов Н.В. Мезенцева. После покушения Каракозова тогдашний начальник Третьего отделения П.А. Шувалов представил императору доклад, в котором предлагал учредить особую «охранительную команду» для защиты от покушений августейшей особы в составе начальника, двух его помощников, 6 секретных агентов и 80 стражников (их численность была сокращена до 40). Идея встретила понимание Александра II, и 2 мая 1866 г. он утвердил проект. Но ни отряд личных телохранителей императора, ни Третье отделение, оказавшееся неспособным защитить даже собственного начальника, не смогли предотвратить новых попыток цареубийства. Все это закономерно породило глубочайшее недовольство Александра II деятельностью органа госбезопасности. Последней каплей, переполнившей чашу царского терпения, явился взрыв в Зимнем дворце, произведенный в феврале 1880 г. революционером-рабочим С.Н. Халтуриным.

По образному выражению одного из исследователей, динамит, предназначавшийся для императора, «взорвал» само Третье отделение. Окончательно удостоверившись в его недееспособности, Александр II в том же месяце создает Верховную распорядительную комиссию во главе с графом М.Т. Лорис-Меликовым, облеченным диктаторскими полномочиями. 3 марта 1880 г. последовал царский указ, временно отдававший под контроль «диктатора сердца» (так поначалу в обществе окрестили Лорис-Меликова за его взгляды и некоторые практические дела, имевшие явно либеральный оттенок) Третье отделение, до этого подчинявшееся лично императору. Ориентировавшийся в своей деятельности на либеральную часть общества, в глазах которого Третье отделение выступало оплотом крайней реакции и произвола, Лорис-Меликов в июле того же года предложил царю свой план административных реформ, предусматривавший одновременную ликвидацию этого учреждения вместе с Верховной распорядительной комиссией. План был одобрен Александром II, и 6 августа 1880 г. появился на свет соответствующий императорский указ. Третье отделение было упразднено, а его дела переданы Особому департаменту Министерства внутренних дел. С ликвидацией этого ведомства, просуществовавшего под одним и тем же названием целых 54 года (больше, чем какой-либо иной аналогичный орган), заканчивается целая эпоха в истории политического сыска в России.

Как уже отмечалось, исполнительным органом Третьего отделения являлся военизированный Корпус жандармов, благодаря чему политический сыск впервые стал надежно охватывать всю территорию Российской империи. Подобная двухзвенная структура была сохранена в неприкосновенности и при преемнике Третьего отделения – Департаменте полиции Министерства внутренних дел.

Главные начальники Третьего отделения:

июль 1826 г. – сентябрь 1844 г. – гр. Бенкендорф А.Х.;

сентябрь 1844 г. – апрель 1856 г. – гр. Орлов А.Ф.;

июнь 1856 г. – апрель 1866 г. – кн. Долгоруков В.А.;

апрель 1866 г. – июль 1874 г. – гр. Шувалов П.А.;

июль 1874 г. – декабрь 1876 г. – Потапов А.Л.;

декабрь 1876 г. – август 1878 г. – Мезенцев Н.В.;

август–сентябрь 1878 г. – Селиверстов Н.Д. (и.д.);

сентябрь 1878 г. – февраль 1880 г. – Дрентельн А.Р.;