В какой-то мере начальнику Кирасирской дивизии позволило реабилитировать себя в глазах Александра I страшное наводнение в Петербурге 7 ноября 1824 г. Царь приказал Бенкендорфу послать 18-весельный катер гвардейского экипажа, постоянно дежуривший у Зимнего дворца, для спасения тонувших в Неве людей. Вот как описывает события той жуткой ночи отнюдь не принадлежавший к апологетам официальной власти А.С. Грибоедов: «... Из окружавших его (императора. — Прим. авт.) один сбросил с себя мундир, сбежал вниз, по горло вошел в воду, потом на катере поплыл спасать несчастных. Это был генерал-адъютант Бенкендорф. Он многих избавил от потопления...» Александр I назначает храброго генерала временным военным губернатором наиболее пострадавшего от наводнения Васильевского острова. Эту должность Бенкендорф занимал с 10 ноября 1824 г. по 14 марта 1825 г.

Отношение Бенкендорфа к восстанию декабристов и его действия в этот критический для нового императора момент предопределили его будущую судьбу и на многие годы обеспечили ему признательность Николая I. 14–16 декабря 1825 г. Бенкендорф командует войсками, расположенными на Васильевском острове, и безоговорочно выступает на стороне самодержца. Непосредственно в разгроме декабристов он участия не принимал, находясь весь день 14 декабря рядом с Николаем I, и только вечером с шестью эскадронами кавалерии вылавливал прятавшихся на Васильевском острове участников восстания. 17 декабря Бенкендорф был назначен членом Следственной комиссии по делу декабристов. Практически все источники свидетельствуют, что во время следствия над декабристами Бенкендорф вел себя с арестованными вежливо и корректно. Видный член Северного общества М.А. Фонвизин отмечал, что у него даже вырывалось сердечное сочувствие и сострадание к узникам. Однако достойное отношение к подследственным декабристам, многие из которых были его боевыми товарищами, тем не менее не помешало ему настаивать на предании смертной казни пяти заговорщиков в назидание на будущее.

Во время работы в Следственной комиссии будущий глава Третьего отделения детально знакомится с идеями Пестеля из его «Русской правды» о создании могущественной жандармской организации для защиты революционной диктатуры, некоторые использует в своих проектах. Суммируя опыт французской тайной полиции при Наполеоне, идеи, почерпнутые у Пестеля, и собственные размышления на этот счет, Бенкендорф в январе 1826 г. подает Николаю I проект устройства «высшей полиции». Подвергнув резкой критике органы безопасности, существовавшие при прежнем императоре, которые не сумели предотвратить «страшный заговор, подготовлявшийся... более десяти лет», он обосновывает необходимость организовать тайную полицию, которая бы «обнимала все пункты империи», «подчинялась системе строгой нейтрализации, чтобы ее боялись и уважали и чтобы уважение это было внушено нравственными качествами ее главного начальника». Главный начальник «должен был носить звание министра полиции и инспектора Корпуса жандармов в столице и в провинции» и «пользоваться мнением честных людей, которые пожелали бы предупредить правительство о каком-нибудь заговоре или сообщить ему какие-нибудь интересные новости». Все это «дало бы возможность заместить на эти места людей честных и способных, которые часто брезгуют ролью тайных шпионов, но, нося мундир, как чиновники правительства, считают долгом ревностно исполнять эту обязанность». 25 июля 1826 г. Николай I утверждает Бенкендорфа в должности главного начальника Третьего отделения собственной Его канцелярии, шефа жандармов и командующего Императорской главной квартирой.