Третье отделение стремилось установить тотальный (по тем временам) контроль за всеми недовольными элементами общества. Например, в 1828 г. Бенкендорф сообщал императору: «За все три года своего существования надзор отмечал на своих карточках всех лиц, в том или ином отношении выдвигавшихся из толпы. Так называемые либералы, приверженцы, а также и апостолы русской конституции в большинстве случаев занесены в списки надзора. За их действиями, суждениями и связями установлено тщательное наблюдение».

Пристальное внимание Третье отделение уделяет крестьянам (Бенкендорф писал: «Так как из этого сословия мы вербуем своих солдат, оно, пожалуй, заслуживает особого внимания со стороны правительства»). В обзоре говорилось: «Исследуя все стороны народной жизни, отделение обращало особенное внимание на те вопросы, которые имели преобладающее значение... Между этими вопросами в течение многих лет первенствующее место занимало положение крепостного населения. Третье отделение обстоятельно изучало его бытовые условия, внимательно следило за всеми ненормальными проявлениями крепостных отношений и пришло к убеждению в необходимости, даже неизбежности отмены крепостного состояния». То есть еще задолго до отмены крепостного права в 1861 г. на необходимости данного принципиального шага настаивали А.Х. Бенкендорф и его сотрудники. В отчете за 1839 г. Третье отделение снова напоминает власти, что степень недовольства низших слоев общества опасно повышается и «весь дух народа направлен к одной цели – к освобождению». В силу этого Бенкендорф и его единомышленники приходят к категоричному выводу: «Крепостное состояние есть пороховой погреб под государством».

Не упустило из поля своего внимания Третье отделение и зарождающееся рабочее движение, своевременно указав правительству на эту новую опасность. По данным этого ведомства, в 1837 г. в «нагорных заводах Лазаревых в Пермской губернии некоторые мастеровые заводские... составили тайное общество, имевшее целью уничтожение помещичьей власти и водворение вольности между крепостными крестьянами» и даже выпустили по этому поводу прокламации. Подавляя антиправительственные элементы, Третье отделение не забывало и о необходимости социальной профилактики. В результате не без его влияния в 1835 г. был издан первый фабричный закон, а в 1841 г. под председательством генерал-майора Корпуса жандармов графа Буксгевдена была учреждена особая комиссия для исследования быта рабочих людей и ремесленников в Санкт-Петербурге. Представленные ею сведения были доведены до соответствующих министров и вызвали некоторые административные меры, содействовавшие улучшению положения столичного рабочего населения. Между прочим, на основании предложений комиссии по инициативе Третьего отделения была устроена в Санкт-Петербурге больница для чернорабочих, послужившая образцом для создания подобного же учреждения в Москве. Необходимо отметить и другие инициативы главы Третьего отделения, имевшие общегосударственное значение. Так, в 1838 г. Бенкендорф выступил с предложением провести железную дорогу между Москвой и Петербургом и в феврале 1839 г. был назначен председателем комитета по ее строительству. Третье отделение указывало на всеобщее недовольство рекрутскими наборами, в 1841 г. отмечало необходимость улучшения здравоохранения.

Совсем не просто складывались отношения Бенкендорфа с виднейшими представителями литературы того времени, неусыпный надзор за которыми он должен был осуществлять. Еще во время следствия каждого декабриста спрашивали: «С которого времени и откуда заимствовали вы свободный образ мыслей?» Обычно участники восстания называли иностранных философов или публицистов, а из отечественных сочинений в первую очередь ссылались на вольнолюбивые стихи Пушкина. Понимавший истинное значение поэта и его влияние на российские умы, император с 1826 г. сам становится личным цензором Пушкина, а на долю не разбиравшегося в поэзии Бенкендорфа достается постоянный надзор за его повседневной жизнью и регулярные занудные поучения, когда поэт «переступал границы дозволенного». Принимая точку зрения императора, главный начальник Третьего отделения так писал ему о величайшем поэте: «Он все-таки порядочный шалопай, но если удастся направить его перо и его речи, то это будет выгодно». За 11 лет «отеческих» отношений шеф жандармов писал Пушкину по различным вопросам 36 раз, а поэт ему – 54 раза. Перед ним он должен был оправдываться по поводу всевозможных обвинений. Совершенно иначе дело обстояло с П.Я. Чаадаевым, опубликовавшим в 1836 г. свое знаменитое «Философическое письмо». По этому поводу шеф жандармов получил рапорт начальника Московского округа жандармского генерала Перфильева, который сообщал, что чаадаевская статья «произвела в публике много толков и суждений и заслужила по достоинству своему общее негодование, сопровождаемое восклицанием: «как позволили ее напечатать?». В публике не столько обвиняют сочинителя статьи – Чаадаева, сколько издателя журнала – Надеждина». Бенкендорф приказал прислать Надеждина в Санкт-Петербург для допроса, а у Чаадаева было предписано взять «все его бумаги без исключения» и доставить в Третье отделение. Бенкендорф вместе с другими государственными деятелями входил в следственную комиссию по делу Чаадаева, которая провела быстрое, но подробное следствие. Автор «Письма» был объявлен сумасшедшим.