Помимо секретных агентов, осуществлявших так называемое «внутреннее наблюдение», в распоряжении Третьего отделения имелись агенты «наружного наблюдения», получившие впоследствии название филеров. Число первых так и осталось неизвестным, однако один только член организации «Народная воля» Н.В. Клеточников сумел за 1879–1881 гг. выявить 385 таких агентов. Содержание этой многочисленной, но в массе своей малоэффективной агентуры довольно дорого обходилось казне. Так, из выделенных Третьему отделению в 1877 г. 307 454 рублей затраты на личный состав равнялись 30,5% (93 648 рублей); 8,7% (26 929 рублей) расходовалось на различные хозяйственные нужды, в том числе и на питание политических заключенных; львиная доля бюджета шла на борьбу с революционным движением и содержание внутренней и внешней агентуры – 60,8% всех средств (186 877 рублей).

Отслеживая практически все важнейшие стороны жизни государства и общества, Третье отделение было завалено информацией, частью совершенно ненужной, и при малочисленном штате служащих проблема сохранения документов, в том числе особой секретности, всегда была из острейших. Бумажный поток рос как снежный ком. В первый год работы Третьего отделения в одной только первой экспедиции было заведено 120 новых дел, зарегистрировано 198 входящих бумаг и 170 исходящих. В 1848 г. эти показатели соответственно составили 564, 4524 и 2818. Еще через два года в архиве Третьего отделения скопилось уже около 30 тысяч дел, число которых продолжало неудержимо увеличиваться – в одном только 1869 г. было заведено 2040 новых дел.

Длительное время архивом заведовал только один человек; условия хранения секретной документации оставляли желать много лучшего. Так, в январе 1849 г. из архива Третьего отделения пропало сразу 18 докладов его шефа с собственноручными резолюциями императора. Вырезки из них вместе с анонимной запиской были потом присланы по почте Николаю I. Служебное расследование установило, что повинен в этом был губернский секретарь А.П. Петров, сверхштатный сотрудник Третьего отделения, с корыстной целью выкравший секретные бумаги «для передачи частным лицам».

Но особенно значительный ущерб нанес внедренный в штат этого органа безопасности уже упомянутый народоволец Н.В. Клеточников. В начале 1879 г. он поступил на службу в секретную часть третьей экспедиции. Обладая каллиграфическим почерком и феноменальной памятью, Клеточников не только образцово исполнял порученные обязанности, но и с готовностью брался переписывать секретные бумаги за своих ленивых сослуживцев, а полученную информацию на протяжении двух лет систематически передавал своей организации. Благодаря ему «Народная воля» в эти годы стала неуловимой для политического сыска. Имея возможность оценивать ситуацию изнутри, Клеточников отмечал низкую эффективность работы агентуры Третьего отделения в последний период его деятельности. Он писал:

«Итак, я очутился в III отделении, среди шпионов. Вы не можете себе представить, что это за люди! Они готовы за деньги отца родного продать, выдумать на человека какую угодно небылицу, лишь бы написать донос и получить награду. Меня просто поразило громадное число ложных доносов. Я возьму громадный процент, если скажу, что из ста доносов один оказывается верным. А между тем почти все эти доносы влекли за собой аресты, а потом и ссылку».

Возможно, Н. Клеточников сознательно сгустил краски, но факт остается фактом – вплоть до самой ликвидации Третьего отделения его руководство так и не смогло разоблачить агента в своем учреждении, хотя по публикациям в демократической прессе имен некоторых секретных агентов и знало о его существовании.