В этот же день в кишлаке Сурхтепа колхоза им. Фрунзе Ахунбабаевского района местная молодежь нападала на турок, выгоняла их и поджигала дома.

5.06.1989. К утру 5 июня группировка внутренних войск в зоне конфликта была доведена до 6 тысяч человек, а в течение дня – до 8,5 тысячи военнослужащих (сюда стоит добавить и 1,5 тысячи курсантов школ милиции). Центр беспорядков переместился в Фергану: в центре города на площади Ленина и у Ферганского обкома продолжались стихийные митинги. Толпе удалось прорваться в здание обкома, к счастью, турки оттуда уже были эвакуированы. В городе и в окрестностях продолжались погромы и поджоги домов, принадлежавших туркам. 5 июня группы молодежи собирались также в Кувасае, но их попытки начать столкновение были пресечены милицией. К исходу 5 июня обстановка в Фергане и других населенных пунктах области в целом стала разряжаться и стабилизироваться. Ферганская агломерация в основном была взята под контроль подразделениями милиции и внутренних войск.

6.06.1989. Это был день относительного затишья, в эти сутки в области практически не было массовых беспорядков, столкновений и погромов. Днем или к вечеру в Фергане появились патрули внутренних войск. На основных дорогах, ведущих в Фергану, появились многочисленные армейские и милицейские контрольно-пропускные пункты. Начался массовый досмотр проходящего автотранспорта. Только в этот день информация о массовых беспорядках появилась в газетах и на телевидении.

7.06.1989. В этот день центр событий перенесся в западную часть области, в Коканд, где оставалось еще более 1,5 тысячи турок-месхетинцев. Многие из них в предшествующие дни пытались выехать из города, но их задерживали и отправляли обратно выставленные на окраинах посты милиции. После полудня в город на грузовиках, автобусах и тракторных прицепах двинулось более 5 тысяч сельских жителей (главным образом, молодежи) из близлежащих районов (Риштанского, Узбекистанского, Фрунзенского, а также Ташлакского и Ферганского, Папского района Наманганской области). Толпа захватила кирпичный завод и на некоторое время – Кокандский городской отдел внутренних дел, который вскоре был отбит обратно курсантами и спецназом МВД. Из следственного изолятора были освобождены силой 68 заключенных (по другим данным – они были отпущены властями по требованию толпы).

Пока внимание нападавших было сосредоточено на городском отделе внутренних дел (ГОВД), местным властям удалось собрать на автобазе и в санатории всех оставшихся в городе турок, поэтому жертв среди них (по официальным данным) не было. Рассыпавшиеся по городу погромщики громили и жгли дома, причем не только турок, но и местных узбеков. Толпа, ломившаяся в ГОВД, требовала выдачи ранее задержанных, а также якобы перевезенных туда турок.

В этот же день в Кировском районе (он расположен к западу от Коканда) были отмечены грабежи покинутых домов (вероятно, турок), в нескольких населенных пунктах района были захвачены отделения милиции, у сотрудников отобрано табельное оружие. В город было вскоре переброшено, в том числе на вертолетах, подкрепление из солдат и офицеров внутренних войск. Именно благодаря им удалось отбить у толпы здание ГОВД. Причем для отражения нападения солдаты широко применяли оружие на поражение.

8.06.1989. Утром в Коканде вновь вспыхнули беспорядки. Ими были охвачены также поселки Дангара (центр Фрунзенского района в 8 км к северу от Коканда), Яйпан (центр Узбекистанского района, в 20 км к югу от Коканда), Горский (Кировский район, в 15 км южнее его центра – поселка Бешарык). В первой половине дня в Коканде погромщикам продолжало прибывать подкрепление из близлежащих сельских районов. С утра толпа скопилась в центре города, в прилегающих к зданию горкома компартии Октябрьском сквере и Октябрьском парке. Собравшиеся (несколько тысяч человек) выдвинулись на площадь перед горкомом. Толпу сдерживало оцепление милиции и ВВ. Требования собравшихся были достаточно «стандартными»: выдать турок, выдать милиционеров, стрелявших 7 июня на поражение у здания ГОВД, отпустить задержанных накануне.