Турок спешно перевезли в горный пансионат в Аштском районе, а самых активных зачинщиков беспорядков доставили в Навгарзан и показали, что турки оттуда вывезены.

Однако экстремисты узнали об их местонахождении. 10 июня в сторону пансионата двинулась колонна грузовиков, набитых молодчиками, вооруженными холодным, а отчасти и огнестрельным оружием. Всего ехало, по оценкам, 350–400 человек. Дорога к пансионату была своевременно перекрыта вертолетным десантом ВВ. Чтобы остановить колонну, снова пришлось применить оружие на поражение.

11.06.1989. В этот день внутренние войска смогли полностью овладеть обстановкой. Массовых беспорядков в области больше не происходило. Все попытки поджогов были пресечены. В ночь с 10 на 11 июня у въезда в Коканд было совершено нападение с применением огнестрельного оружия на наряд ВВ (наряд обстреляли из пистолета с проезжавшего мотороллера), был тяжело ранен курсант. В поселке Комсомольский неизвестные пытались поджечь магазин. В Кировском районе той же ночью 10 местных жителей пытались поджечь дом турка. В поселке Бешбола Узбекистанского района разграблены 4 дома турок.

В Маргилане во время комендантского часа был застрелен водитель машины, не остановившийся по требованию патруля. В подобных же ситуациях было ранено еще 2 человека. В ночь с 11-го на 12-е в пригороде Маргилана группа неизвестных напала на наряд ВВ, но была рассеяна огнем, 1 солдат был ранен.

До конца 1989 года сохранялся режим комендантского часа. Продолжалась начатая 9 июня эвакуация турок в Россию военно-транспортной авиацией (завершена к 18 июня). Всего было вывезено 16 282 человека. Перед посадкой в самолеты туркам предлагали выписаться с мест прежнего проживания.

Задним числом эвакуация была оформлена Постановлением Совета Министров СССР № 503 от 26 июня 1989 года. Вывоз турок в шесть областей Российского Нечерноземья был санкционирован личным распоряжением Председателя Совета Министров СССР Н. И. Рыжкова, что он позднее признал в своих мемуарах.

В Ферганской области еще во время событий приступила к работе объединенная оперативно-следственная бригада Генеральной прокуратуры, МВД и КГБ СССР, которую возглавил заместитель начальника следственной части Генеральной Прокуратуры СССР А. В. Фролов. В составе бригады было 16 следственно-оперативных групп, включавших более 400 работников правоохранительных органов, в том числе около 230 следователей МВД и Прокуратуры.

По данным комиссии ЦК Коммунистической партии Узбекской ССР, во время июньских событий погибло 103 человека, из них 52 турка-месхетинца, 36 узбеков, травмы и увечья получило 1011 человек, ранено 137 военнослужащих ВВ и 110 работников милиции (из последних один – Т. Суванкулов – скончался), сожжено и разграблено 757 жилых домов, 27 государственных объектов, 275 единиц автотранспорта.

К концу 1990 года к уголовной ответственности было привлечено 364 человека, административные аресты получили 408 человек. К 1991 году было осуждено около 100 человек, двое (Т. Парпиев и Г. Хуриев) – приговорены к исключительной мере наказания. Всего в течение 5 лет после событий в суды было направлено в общей сложности 250 уголовных дел, была доказана вина 420 человек.

К строгим мерам партийного воздействия привлечено 124 человека. В частности, получили взыскания и сняты со своих постов министр внутренних дел Узбекистана У. С. Рахимов, начальник УКГБ по Ферганской области Н. Г. Лесков, а также начальник Ферганского областного УВД С. Ю. Бурханов.

Всего к началу 1991 года Узбекистан покинуло более 90 тысяч турок, включая тех, кто был эвакуирован из Ферганы в июне 1989-го. Эти люди расселились в России, Азербайджане, Казахстане, Украине.