Общая обстановка в Узбекистане была крайне сложной. Наиболее крупные предприятия горнодобывающей, металлургической, машиностроительной, электротехнической и химической промышленности республики находились в подчинении союзных министерств и ведомств.

В то же время производимый в республике хлопок-сырец в значительной степени разворовывался, большую проблему составляли факты взяточничества, многие руководящие работники всех уровней злоупотребляли властью, служебным положением.

До конца 1988 года в Узбекской ССР продолжались кадровые перестановки и чистки под флагом «борьбы с коррупцией». Так, в октябре был смещен со своего поста и приговорен к тюремному сроку первый секретарь Ферганского обкома Коммунистической партии Узбекистана Умаров, и на его место был поставлен Шовкат Юлдашев.

Параллельно в республике росла социальная напряженность. Особенно это ощущалось в Ферганской долине. Почему именно там? Ферганская долина – это межгорная впадина в предгорьях Тянь-Шаня протяженностью до 300 км в длину и до 170 км в ширину. Со Средних веков она являлась одним из главных сельскохозяйственных районов Средней Азии, для долины характерен высокий рост населения, в результате которого средняя плотность населения в целом составляла 100 человек на 1 кв. км, а в ее «узбекской» части – около 300.

К концу 1980-х годов совершенно отчетливо стала видна аграрная перенаселенность, когда в наиболее плодородных районах на 1 человека приходилось всего 0,6 га земли. При этом не следует сбрасывать со счетов низкий уровень сельхозпроизводства и извечную проблему недостатка воды для полива. В тот же период наметилась и еще одна проблема: избыточное количество трудоспособных, но не занятых трудом жителей Ферганы.

Все средства для повышения благосостояния народа разворовывали сами же узбеки, начиная с республиканских партийных и государственных деятелей и кончая председателями колхозов и райисполкомов в районах. До основного узбекского – кишлачного населения ничего не доходило, они жили и трудились почти на рабском положении – так было во всем Узбекистане, а особенно в Фергане.

Таким образом, в Ферганской долине возник классический пример социальной напряженности в условиях перенаселенности и продолжающейся тенденции ее роста.

Это усугубилось и тем, что именно Ферганская долина традиционно была оплотом ислама в Средней Азии: даже в советское время здесь функционировало множество подпольных исламских школ и сект. Поэтому нет ничего удивительного в том, что именно Фергана полностью подходила для формирования экстремистских элементов.

Началом конфликта принято считать события 16–18 мая 1989 года, когда в городе Кувасае (на востоке Ферганской области) произошли массовые драки между, с одной стороны, турецкой, с другой – узбекской и таджикской молодежью. За следующую неделю возбуждение в городе не спало, среди узбекской молодежи шли разговоры о том, что турок надо «проучить».

23 мая драки в Кувасае возобновились и переросли в крупные столкновения, которые продолжались 2 дня. С каждой «стороны» участвовало по несколько сот человек. Толпа пыталась прорваться в кварталы, населенные турками и другими меньшинствами, и учинить там погром. Власти попеременно пытались то уговаривать толпу, то разгонять ее силой. После прибытия дополнительных сил милиции (около 300 человек) из других районов и областей беспорядки были локализованы. По официальным данным, пострадали 58 человек, из них 32 были госпитализированы, а один человек – 26-летний таджик Икром Абдурахманов – скончался в больнице.