Не скрывая своего презрения к «беснующемуся» общественному мнению, Чичерин был всегда чуток к тем откликам, которые вызывали в обществе его отношения с властью, опасаясь дать повод для подозрений в угодничестве и пресмыкательстве. Щепетильность Чичерина не позволила ему вскоре после окончания публичной полемики с Герценом сразу же принять почетное и перспективное предложение стать наставником царского первенца – великого князя Николая Александровича. Борис Николаевич ответил тогда вежливым отказом, не пожелав, чтобы его приглашение ко двору было воспринято как награда за отповедь, данную им лондонскому пропагандисту. Впрочем, выдержав необходимую паузу, он все-таки стал одним из преподавателей наследника с надеждой вырастить из него конституционного монарха.

Да и сама жизнь выступала тогда в роли своеобразной наставницы. Царский сын достигал шестнадцатилетия, страна вступала в реформационный период; чем взрослее становился наследник, тем быстрее шли преобразования. То было время самых смелых либеральных надежд: казалось, династия использует свой шанс! Обнаруживая в своем воспитаннике «милую обходительность», «непринужденную разумность», «широкое понимание вещей и отношений», «изумительное самосознание», а также «сочетание крепких и разумных религиозных убеждений с самой широкой терпимостью», Чичерин, увлекаясь своей учительской миссией, восклицал: «Ах, если бы он хорошенько поработал!» Но тут же возникало сомнение: «А впрочем, Бог знает. Человек работающий часто приобретает специальный взгляд, который в его положении может быть вреден. Россия вышла из той поры, когда все должно было направляться сверху. Общество должно уже действовать само, лишь бы на вершине была разумная и просвещенная воля, сдерживающая и указывающая путь. В этом отношении я не могу представить себе ничего лучше Великого Князя». К несчастью, этот прообраз либеральной мечты слишком рано угас от неизлечимой болезни.

Начало недолгой (1861–1867) профессорской карьеры Чичерина совпало с так называемой «студенческой историей», разыгравшейся в столичных университетах осенью 1861 года. Не одобряя «мелочно-стеснительных» мер правительства в отношении прав студентов, Чичерин в то же время выступил против попыток студенчества играть какую-либо общественную роль, считая возможным для поддержания порядка в университете лишь «разбудить немного дремлющую власть». Являясь сторонником самой широкой свободы и автономии для университетов, он в то же время полагал, что государство не должно допустить превращения этих учебных заведений в «центры и орудия разрушительной пропаганды…».

Но, уже имея в оппозиционных кругах репутацию «охранителя», Борис Николаевич не сумел достигнуть взаимопонимания и с правительством. Сначала недоразумения возникли вследствие бестактного стремления Министерства народного просвещения поддержать консервативные призывы Чичерина административными средствами. Вступительная лекция, прочитанная Борисом Николаевичем перед началом курса в Московском университете и появившаяся в печати, настолько понравилась властям, что цензорам было дано указание не пропускать полемические выпады против лекции профессора, ценимого правительством. В ответ на такое неуклюжее обхождение Чичерин, справедливо полагая, что он вовсе не обыкновенный чиновник, исполняющий приказания начальства и нуждающийся в его защите, обратился к министру с просьбой снять с него «клеймо», оскорбительное для чести независимого автора.

Через несколько лет после студенческих волнений внутри коллегии московских профессоров вспыхнул конфликт, осложненный вмешательством министерской власти, не посчитавшейся с решением ученого совета и, по убеждению Чичерина, нарушившей установленный законом порядок. «Где есть беззаконие, там должен быть и протест. Он может быть практически бесполезен, но он всегда нравственно необходим. Это не только право, но и обязанность каждого члена коллегии, обязанность, от исполнения которой зависит прочное утверждение законного порядка в русском обществе» – так Борис Николаевич объяснил мотивы своего участия в этом переросшем свои первоначальные рамки конфликте. Единственным выходом из этой скользкой ситуации для Чичерина было уйти в отставку. Покидая университет навсегда, он решает перебраться в деревню. Там, в спокойной, несуетной обстановке провинциального поместного быта, он продолжает много и увлеченно размышлять о ходе внутренних и международных событий, создавать научные трактаты, пробовать свои силы в политической публицистике, участвовать в земской деятельности, мечтать о новой политической роли.