Фактически переписана была глава о переходных положениях. Проект, представленный ко второму чтению, закреплял сохранение муниципальных образований, действующих к моменту введения закона в действие. Формирование новых муниципальных образований предлагалось осуществлять региональными законами. Преобразование существующих муниципальных образований возможно со стороны субъектов Федерации, но только с учетом мнения населения. Субъекты Федерации не приступают к реорганизации муниципальных образований и формированию новых муниципальных образований, если до 31 марта 2004 г. не будут приняты и опубликованы изменения в Налоговый и Бюджетный кодексы.

Всего в представленном ко второму чтению законопроекте содержалось 300 поправок, предложенных депутатами Государственной Думы, членами Совета Федерации и законодательными (представительными) органами государственной власти субъектов Федерации. Депутаты рассмотрели и объемистые многостраничные таблицы отклоненных предложений, в том числе депутатских. Дума согласилась с мнением рабочей группы и Комитета и утвердила эти таблицы. Ряд депутатов воспользовался правом «пленарных поправок» и выступил с доводами в пользу своих уже обсужденных и отвергнутых в группе и комитете предложений. Главный их смысл заключался в расширении прав населения на учреждение муниципальных образований, укрепление самостоятельности местного самоуправления, усилении роли субъектов Федерации в решении вопросов территориального устройства местного самоуправления. Некоторые из этих поправок затрагивали концептуальные положения законопроекта. Все они за одним, в сущности, исключением были отклонены Думой.

Это исключение касалось сроков введения закона в действие. В законопроекте, принятом в первом чтении, указывалось, что закон вступает в силу с 1 января 2005 г. Депутаты предложили изменить этот срок и установить, что закон действует с 1 января 2006 г. Как вскоре подтвердила практика, переходный период надо было увеличить еще на несколько лет. Аргументы: сложность реформы, необходимость как следует подготовиться к ее проведению, неясность финансовых мер, которые должно предложить Правительство и неопределенность сроков их внесения в Думу. Противники поправки указывали на то, что сдвиг сроков демобилизует исполнителей и по «российской традиции они начнут подготовку реформы накануне установленного срока». В результате поправку приняли и тут же проголосовали за принятие законопроекта во втором чтении в целом. За это решение проголосовал 231 депутат (51,3 %), против – 171 (38 %), не голосовали 48 депутатов (10,7 %)[83].

После голосования выяснилось, что изменение сроков вступления закона в силу не очень ладно вписывается в общий текст переходных положений. Буквальный смысл этой поправки состоял в том, чтобы «все сроки (установленные в переходных положениях. – В.В.) увеличить на 1 год». Но механическое увеличение этих сроков, которые включали, в частности, время подготовки изменений Бюджетного и Налогового кодексов, разработки Правительством РФ порядка распределения имущества между уровнями власти, могло нарушить систему реформирования местного самоуправления. Поэтому было высказано предложение: считать, что утвержденный срок касается только установления новых границ муниципальных образований и проведения выборов органов местного самоуправления. Предложение не голосовалось, хотя и было зафиксировано протокольно.

Возвратившись к проекту в его третьем чтении 16 сентября 2003 г., депутаты оказались перед необходимостью внести в него новые поправки. Кроме преодоления рассогласования сроков введения в действие закона нужно было уточнить ряд формулировок, ущербность которых к этому времени обнаружило Правовое управление аппарата Государственной Думы. Оно сделало 17 замечаний. Как потом оказалось, можно было внести значительно больше исправлений – ускоренный, жесткий темп подготовки и прохождения в Думе большого документа заведомо не мог не привести к противоречивым установлениям, смысловым неточностям и другим осечкам как технического, так и содержательного свойства.