Поскольку законопроект в принципе был уже одобрен, муниципалитеты не могли рассчитывать на рассмотрение Думой их доводов в обязательном порядке – на этой стадии прохождения документа официально действовали только субъекты права законодательной инициативы, но и через них, т. е. через депутатов Госдумы и органы государственной власти субъектов Федерации, муниципалы добивались внимания к своим суждениям и замечаниям.

Общее число поправок к законопроекту спустя месяц после принятия его в первом чтении превысило шесть тыс. Многие из них носили взаимоисключающий характер. Учитывая особую значимость законопроекта, Совет Государственной Думы пошел на то, чтобы провести вопреки традиции еще одни парламентские слушания. Несмотря на призывы организаторов не касаться концепции проекта, одобренной при первом чтении, и вести речь только о его конкретных нормах и необходимых уточнениях к ним, участники слушаний обсудили документ «по полной программе». По своему содержанию эта была дискуссия, как бы компенсировавшая не состоявшиеся при первом чтении дебаты. Разумеется, голосования по итогам слушаний не было. Не принималась и резолюция. Формально Комитет Госдумы не обязан был рассматривать озвученные на слушаниях идеи. Поезд, как говорится, уже ушел. Дискуссия была для проекта безопасна, и, может быть, поэтому круг ее участников был существенно расширен по сравнению с первыми слушаниями. Пожалуй, это была одна из самых острых открытых дискуссий о реформе местного самоуправления, еще раз доказавшая наличие стойкого сопротивления намеченным переменам, нежелание, по крайней мере части муниципальных и региональных властей, обновить сложившееся положение дел, с которым основательно свыклись.

Существенным аргументом противников если не проекта в целом, то некоторых его положений стало утверждение о несоответствии документа Конституции РФ, нарушение им прав населения на местное самоуправление, на самостоятельное определение структуры органов местного самоуправления, ограничение свободы создания муниципальных образований. «Если через несколько лет принятие такого закона, – говорил мэр подмосковного города Красноармейска В. Пашенцев, – криминалисты не назовут изнасилованием в особо изощренной форме, то, значит, мы все будем гордиться тем, что принимали участие в более достойном деле».

И все-таки большинство участников слушаний в своей критике ограничились предложением поправок в текст законопроекта. Речь шла об уточнении перечня вопросов местного значения, решаемых поселениями, о предоставлении муниципальным образованиям права самим регулировать состав этих вопросов, об изменении параметров создания поселений, о пересмотре переходных положений и т. д.

Снова был поднят вопрос о необходимости синхронного принятия закона о местном самоуправлении и поправок в бюджетное и налоговое законодательство. К 1 апреля Правительство, несмотря на официальные обращения Думы, не представило никаких законопроектов по этому вопросу. Выступивший на слушаниях руководитель Департамента Минфина РФ А. Лавров изложил суть рабочего варианта изменений налогового и бюджетного законодательства и заявил, что окончательный вариант в принципе возможен тогда, когда во втором чтении законопроекта о местном самоуправлении точно определится сфера деятельности органов местной власти.

Второе чтение проекта федерального закона «Об общих принципах местного самоуправления в Российской Федерации» состоялось 11 июня 2003 г. За несколько дней до этого в Думу из Правительства поступил документ, проливающий свет на финансовое обеспечение реформы местного самоуправления.