В сопроводительном письме глава кабинета министров М. Касьянов сообщал, что дополнительно проработанные законопроекты будут представлены по результатам рассмотрения палатой во втором чтении двух президентских законопроектов: «Об общих принципах организации законодательных (представительных) и исполнительных органов государственной власти субъектов Российской Федерации» и «Об общих принципах организации местного самоуправления в Российской Федерации».

Реакция депутатов на представление Правительства была негативной. По существу, никаких источников доходов, которые позволили бы муниципалитетам расплатиться с долгами, в том числе федеральными, и обеспечить не «по факту», а хотя бы по объективному минимуму выполнение установленных для них полномочий, не предусматривалось. Однако, не обсуждая официально правительственную концепцию, Дума продолжила работу над законопроектом о местном самоуправлении.

По результатам совместной деятельности созданной на межфракционной основе рабочей группы и Комитета по вопросам местного самоуправления в законопроект ко второму чтению было внесено немало изменений. Существенное уточнение касалось формирования представительных органов путем прямого волеизъявления населения, в том числе в муниципальных районах. Снижена минимальная численность представительных органов муниципальных образований – от 7 и самая высокая численность в муниципальных образованиях с количеством жителей свыше 500 тыс. – 35 депутатов. Введена норма, разрешающая иметь работающих на постоянной основе депутатов в количестве 10 % от численности представительного органа. Внесена поправка, предоставляющая право в муниципальных образованиях с населением менее 1 тысячи человек объединять руководящие посты в исполнительных и представительных органах. Установлено, что органы местного самоуправления определяют размеры и условия оплаты труда депутатов, выборных должностных лиц, осуществляющих свою деятельность на постоянной основе, самостоятельно. В то же время внесена поправка, ограничивающая право муниципальных образований на излишние расходы на заработную плату выборных должностных лиц муниципальных образований, получающих дотации.

Исключена норма, предоставляющая право законодательным органам как на федеральном, так и на региональном уровне передавать государственные полномочия для выполнения тех или иных функций без дополнительного финансирования и определения собственности.

Если в проекте, рассмотренном в первом чтении, содержалась только общая норма, согласно которой в состав муниципального имущества входит все имущество, необходимое для решения вопросов местного значения, то теперь проект определял исчерпывающий перечень имущества, которое может находиться в муниципальной собственности. Смысл этой поправки состоит в том, чтобы ограничить использование имущества только целями удовлетворения потребностей населения, отделить собственно муниципальную деятельность от коммерческо-предпринимательской.

Принципиальный характер имело изменение позиции по поводу особенностей местного самоуправления в городах федерального значения – Москве и Санкт-Петербурге. В первоначальном проекте речь шла о возможности осуществления местного самоуправления в этих мегаполисах как на общегородском, так и внутригородском уровнях. В первом случае общегородские органы становились органами местного самоуправления, осуществляющими переданные им государственные полномочия. Эта весьма сомнительная с точки зрения ее соответствия Конституции РФ модель была теперь отвергнута – единственный вариант организации местного самоуправления в Москве и Санкт-Петербурге определял возможность создания муниципальных образований только на субгородском уровне.