6-й отдел – следственный (начальник – подполковник государственной безопасности Леонов Александр Георгиевич).

7-й отдел – оперативный учет и статистика, проверка военной номенклатуры ЦК ВКП(б), НКО, НКВМФ, шифрработников, допуск к совершенно секретной и секретной работе, проверка работников, командируемых за границу (начальник – полковник Сидоров А.Е.; назначен позднее, в приказе данные отсутствуют).

8-й отдел – оперативной техники (начальник – подполковник государственной безопасности Шариков Михаил Петрович).

9-й отдел – обыски, аресты, наружное наблюдение (начальник – подполковник государственной безопасности Кочетков Александр Евстафьевич).

10-й отдел – Отдел «С» – специальных заданий (начальник – майор государственной безопасности Збраилов Александр Михайлович).

11-й отдел – шифровальный (начальник – полковник государственной безопасности Чертов Иван Александрович).

Кроме того, в составе этого ведомства были политотдел (начальник – полковник Сиденьков Никифор Матвеевич), отдел кадров (начальник – полковник Врадий Иван Иванович, административно-финансово-хозяйственный отдел (начальник – подполковник Половнев Сергей Андреевич и секретариат (начальник – полковник Чернов Иван Александрович). Общая численность центрального аппарата ГУКР Смерш НКО составляла 646 человек.

Кроме заместителей, начальник ГУКР СМЕРШ имел 16 помощников, каждый из которых курировал деятельность одного из фронтовых Управлений контрразведки Смерш. В их числе были:

Авсеевич, Александр Александрович (апрель – июнь 1943 года), полковник государственной безопасности, с 26 мая 1943 года – генерал-майор.

Болотин, Григорий Самойлович (1943 – 4 мая 1946 года), полковник государственной безопасности, с 26 мая 1943 года – генерал-майор.

Рогов, Вячеслав Павлович (май 1943 – июль 1945 года), генерал-майор.

Тимофеев, Пётр Петрович (сентябрь 1943 – 4 мая 1946 года), генерал-майор, с 1944 года – генерал-лейтенант (УКР Смерш Степного, с 16.10.1943 2-го Украинского фронтов).

Прохоренко, Константин Павлович (29 апреля 1943 – 4 октября 1944 года), полковник ГБ, с 26 мая 1943 года – генерал-майор.

Москаленко, Иван Иванович (май 1943 – 4 мая 1946 года) полковник государственной безопасности, с 6 мая 1943 года – генерал-майор, с 21 июля 1944 года – генерал-лейтенант.

Мисюрев, Александр Петрович (29 апреля 1943 – 4 мая 1946 года), полковник государственной безопасности, с 26 мая 1943 года – генерал-майор.

Кожевников, Сергей Федорович (29 апреля 1943 – 4 мая 1946 года), полковник государственной безопасности, с 26 мая 1943 года – генерал-майор.

Ширманов, Виктор Тимофеевич (на июль 1943 года), полковник, с 31 июля 1944 года – генерал-майор. (УКР Смерш Центрального, с 16.10.1943 Белорусского фронтов).

Штат управления Смерш фронта насчитывал 130 человек. Управление состояло:

1-й отдел – штаб и управления фронта.

2-й отдел – контрразведывательная работа в тылу, борьба с агентурой противника (парашютисты), работа среди военнослужащих, фильтрация находившихся в плену или окружении.

3-й отдел – руководство работой подчиненных органов, борьба с подрывной деятельностью иностранных разведок, антисоветскими элементами, изменой Родине, воинскими преступлениями.

4-й отдел – следственный.

Отделы контрразведки НКО Смерш были созданы и в армиях в количестве 57 человек. Они состояли из пяти отделений.

1-е – работа по штабу, отделам, управлениям.

2-е – работа по управлению тыла и его объектам.

3-е – руководство подчиненными органами (корпусами, дивизиями, бригадами).

4-е – борьба с агентурой противника, фильтрация, зафронтовая работа.