Также сообщалось, что для слежки и контроля над инакомыслием Смерш создал и поддерживал целую систему слежки за гражданами в тылу и на фронте. Сотрудники этих органов без разбору хватали совершено невинных людей, а угрозы расправы приводили к сотрудничеству их с секретной службой и к безосновательным обвинениям против военнослужащих и гражданского населения.

Много писалось о том, что органы Смерш выполняли функцию тайной полиции в войсках, в каждом соединении имелся свой особист, который вёл дела на солдат и офицеров, имеющих проблемные биографии, и вербовал агентуру. Зачастую агентура Смерш проявляла героизм на поле боя, особенно в ситуации паники и отступления.

Также сообщалось, что Смерш играл большую роль в распространении сталинской системы террора на страны Восточной Европы, где установились дружеские к Советскому Союзу режимы. Например, сообщалось, что на территории Польши и Германии после войны некоторые бывшие нацистские концлагеря продолжали функционировать «под эгидой» Смерш как место репрессий идеологических противников новых режимов. При этом в качестве доказательства приводилась информация, что в бывшем нацистском концлагере Бухенвальд ещё несколько лет после войны содержалось свыше 60 тыс. противников социалистического выбора.

При этом авторы совершенно упускали тот факт, что главными противниками Смерш, в его контрразведывательной деятельности были абвер, немецкая служба разведки и контрразведки, полевая жандармерия и Главное управление имперской безопасности РСХА, а также финская военная разведка. Начиная с 1943 года противник повысил интенсивность заброски своей агентуры через линию фронта на самолетах. При отступлении германских войск в тылу Красной Армии оставлялись агентурные группы, отдельные агенты-диверсанты, а также связанное с ними или действующее самостоятельно разного рода националистическое подполье. Количество людей, задействованных в этих структурах, исчислялись сотнями тысяч человек.

Также упускался тот факт, что вопреки распространенному мнению органы Смерш не могли приговорить кого-либо к тюремному заключению или расстрелу, так как не являлись судебными органами. Приговоры выносил военный трибунал или Особое совещание при НКВД СССР. Санкцию на аресты среднего командного состава контрразведчики должны были получать от Военного совета армии или фронта, а старшего и высшего начальствующего состава – от наркома обороны.

Важно и то, что заградотряды при органах Смерш никогда не создавались и сотрудники Смерша их никогда не возглавляли. В начале войны заградительные мероприятия осуществлялись войсками НКВД по охране тыла действующей армии. В 1942 году начали создаваться заградительные отряды при каждой армии, находившейся на фронте. Фактически они предназначались для поддержания порядка во время боёв. Только во главе заградотрядов Сталинградского и Юго-Западного фронтов в сентябре – декабре 1942 года стояли работники особых отделов НКВД.

Правда, заградительные службы активно использовались работниками Смерша для розыска агентуры разведки противника. Например, накануне наступательных операций фронтов большой размах приобретали с участием органов Смерш мероприятия по линии заградслужбы. В частности, осуществлялось прочёсывание военных гарнизонов, до 500 и более населенных пунктов с прилегающими к ним лесными массивами, производился осмотр нежилых помещений, тысяч заброшенных землянок. В ходе таких «зачисток», как правило, задерживалось большое число лиц без документов, дезертиров, а также военнослужащих, имевших на руках документы с признаками, указывающими на их изготовление в абвере.