Через 60 лет после смерти Сергия под ударами турок пала Византия. За несколько лет до этого Русь, преимущественно по политическим соображениям, отказалась примкнуть к Флорентийской унии 1439 г. – последней попытке объединения церквей. Подписавший унию от московской митрополии митрополит Исидор был изгнан московским князем Василием Васильевичем, а на митрополию в 1448 г. без санкции константинопольского патриарха был поставлен Иона. Де-факто это стало окончанием зависимости русской церкви от Константинополя (де-юре русская православная церковь сделается вполне самостоятельной – автокефальной – в 1589 г. с поставлением патриарха московского как пятого вселенского), но усугублением зависимости от воли великого князя московского. Русское церковное сознание, потрясенное гибелью православной империи от рук неверных, в спешном порядке конструирует московское самодержавие – не как политическую практику, к этому времени вполне сложившуюся, а как идеологему. Возникает идея Москвы как “нового града Константина”, или Третьего Рима, священной миссией которого является защита и утверждение православной веры. При этом великий князь, а потом и царь московский сакрализируется “верою и честию всех презыйдя”.

Третий Рим не продолжает, а заменяет собой Второй (Константинополь), возникает опасная подмена “вселенского церковного предания местным и национальным”, по словам Флоровского. Доктрина о Москве как о Третьем Риме становится идеологическим базисом для образования деспотического Московского царства. Оно оформляется под символом мессианской идеи, при фактической, как писал Н. А. Бердяев, национализации церкви – “религиозная идея царства вылилась в форму образования могущественного государства, в котором церковь стала играть служебную роль”. Церковь, таким образом, попадает в ловушку, освящая своим авторитетом практически любое деяние московских государей. Разумеется, были и исключения – митрополит Филипп мужественно обличал опричные порядки и принял за это мученическую кончину, были и другие примеры отстаивания правды перед лицом неправой власти. Но, например, утверждение крепостных порядков и несвободы общественной жизни прошло практически без реакции со стороны церкви. Увы, прав был строгий критик русской действительности Петр Чаадаев, писавший почти 300 лет спустя: “Почему… русский народ подвергся рабству лишь после того, как он стал христианским… Пусть православная церковь объяснит это явление. Пусть скажет, почему она не возвысила материнского голоса против этого отвратительного насилия одной части народа над другой”. Справедливости ради надо заметить, что отдельные голоса все-таки были, например нестяжатели Максим Грек и Вассиан Патрикеев. Последний, будучи учеником знаменитого отшельника и мистика Нила Сорского, резко протестовал как против закабаления крестьян монастырями, так и против смертных казней еретиков. Но опять же это были исключения, и судьба их была печальной. Новый виток драмы взаимоотношений власти светской и духовной пришелся на XVII в.

После Смуты Московское государство восстанавливалось сложно и с колоссальным напряжением всех сил. Слабость светской власти дополнялась ослаблением авторитета духовной. Епископы признавали: “Многие священники мало умеют грамоте, и в церковь Божию мало ходят, и церковного правила не исполняют, и крестьян к церкви быть не понуждают”. В исповедных вопросах к кающимся грешникам духовного звания постоянно отмечаются такие провинности, как “обедню похмелен служил” или “упився, бесчинно валялся”, участие в драках и даже “разбоях”.