Для того чтобы привлечь кого-либо к ответственности, разумеется, требовались основания. Таким основанием в делах веры служило обвинение одним лицом другого в принадлежности к ереси, в сочувствии или помощи еретикам. Тот, кто откликался в установленный срок на призыв инквизиторов и сообщал ему сведения о еретиках, получал награду. В проповедях инквизиторы объясняли верующим отличительные черты различных ересей, признаки, по которым можно обнаружить еретиков, хитрости, на которые последние пускались, чтобы усыпить бдительность преследователей. Здесь же, наконец, определялись способы или формы доноса. Печальная слава, сопутствовавшая инквизиции, создала среди населения атмосферу страха, террора и неуверенности, порождавших волну доносов. Подавляющее большинство этих доносов было основано на вымыслах или нелепых и смехотворных подозрениях. Люди спешили «исповедаться» перед инквизитором в надежде в первую очередь оградить себя от обвинений в ереси. Особенно старались доносчики, действовавшие из корыстных побуждений, в надежде получить за выдачу еретиков часть их состояния.

Наряду с этим инквизиторы пользовались и другими источниками получения информации об инакомыслии, в частности: художественные, философские, политические и иные произведения, в которых высказывались «крамольные» мысли и идеи. Несоответствие этих произведений принципам католической ортодоксальности служило более чем достаточным основанием для привлечения их авторов к судебной ответственности.

Самым ценным, самым желанным способом заполучить еретика считалось не обнаружить его с помощью третьих лиц, а заставить его самого добровольно явиться в инквизицию и покаяться, отречься от своих заблуждений, осудить их и в доказательство своей искренности выдать всех ему известных единоверцев, сторонников и друзей. Были организованы «периоды милосердия», которые по своей сути являлись ловушками для еретиков. Главная особенность судопроизводства состояла в секретности всех этапов, например, обвиняемый не мог знать имен доносчиков. От обвиняемого требовали раскаяния, которое вовсе не исключало наказания. В качестве наказания применялся интердикт, отлучение от церкви, паломничество в святые места, публичное покаяние, бичевание, ношение порочащих знаков, тюрьма. Тюремное заключение чаще всего было пожизненным. Заключенных содержали в полной изоляции, их заковывали в кандалы, кормили только хлебом и водой.

Обычно от ареста до приговора проходило около трех лет, и подсудимый был психологически подготовлен признать свою вину, если же он «упорствовал», то отправлялся в комнату пыток. Согласно инструкции он мог подвергнуться пытке лишь единожды. Чаще всего применялось три вида истязаний: оборотами веревки, водой и дыбой. Все наказания делились на две категории: для «примирившихся» и для «упорствующих». Для первой категории существовали три типа наказаний: духовные, физические и материальные. Для второй категории было единственное наказание – смерть через сожжение, которое призвано было устрашить народ. В первые полстолетия инквизиторы приговаривали к смерти 40% всех подсудимых. В случае если еретик умирал до суда или успевал скрыться, то его казнили заочно, сжигая его чучело.

Все приговоры объявлялись на аутодафе – зрелище, призванном устрашить тысячи зрителей. О предстоящей процессии извещали весь город. С самого утра дня казни совершались тщательные приготовления и устраивались внушающие страх декорации на площади. В 7 утра обычно начиналось аутодафе. По площади продвигалась процессия из монахов, солдат и осужденных, которых облачали в «санбенито». Судимые шли, разбитые группами по категориям в порядке увеличения степени их вины. Затем церковь символично передавала каждого осужденного светским властям, которые оглашали приговор. После этого еретиков, осужденных на смерть, уводили за город и сжигали. Впоследствии их «санбенито» вывешивали на городских стенах, как символ позора.