Став во главе Саккудионского монастыря, преп. Феодор энергично приступил к его благоустройству. С особенной любовью и рвением он занялся руководительством в деле религиозно-нравственного совершенства монастырского братства. Все иноки монастыря обязаны были открывать игумену свои помыслы, исповедовать пред ним чувства и стремления и указывать препятствия на пути внутреннего роста. Преп. Феодор проявил себя как мудрый и опытный духовный врач. В соответствии с духовным состоянием каждого инока он предлагал различные врачевания, гася пламя страстей, устраняя дурные помыслы; он действовал то словом кротким, то могучим и сильным. Преп. Феодор внушал инокам долг борьбы с врагом нашего спасения, увещевал быть бдительными, зоркими и внимательными, отклонять даже и помыслы о зле и усовершенствовать себя в систематическом делании добра. Наставления, предназначенные для всех монахов, преп. Феодор предлагал в форме особых катехизических поучений, которые произносил три раза в неделю. Эти оглашения, проникнутые горячей любовью к иночеству, его идеалам и подвигам, могли бы тронуть даже каменное сердце; они приносили инокам большую пользу и доставляли им много умиления и утешения. Одновременно преп. Феодор учил братство своей личной жизнью, исполненною по-прежнему многих добродетелей и являвшеюся образцом для подражания[71]. Так и словом и делом св. Феодор возводил Саккудионское братство к моральному совершенству и постепенно подготовил его к великой борьбе за Евангелие, Церковь и каноны, в которую монахам во главе со своим игуменом пришлось вступить на второй год пребывания св. Феодора в звании предстоятеля Саккудионской обители.

В конце 794 года Византия была смущена странными известиями, пришедшими из царского дворца. Молодой византийский император Константин VI, благополучно проживший в браке со своей супругой Марией[72] в течение семи лет, задумал развестись с ней и жениться на ее кубикуларии (фрейлине) Феодоте[73]. За императрицей Марией не было никакой вины, которая могла бы послужить законным основанием к формальному разводу, тем не менее Константин VI настойчиво стремился осуществить свой план. Под тем предлогом, что императрица Мария будто бы злоумышляла на жизнь супруга, император в январе 795 года распорядился заключить ее в один из византийских монастырей. Вслед за тем Константин VI возбудил перед константинопольским патриархом Тарасием дело о формальном разводе с Марией и о разрешении повенчаться с Феодотой. Но для патриарха Тарасия были вполне ясны тайные мотивы беззаконного поступка василевса, он глубоко скорбел о прелюбодеянии императора, навлекшего на него тягчайший позор не только в Византии, но и за ее пределами, среди варварских народов. Благочестивый патриарх не сомневался в искусственности и фальши возведенного на императрицу Марию обвинения, которое лишь компроментировало василевса, поэтому он в ответ на все ходатайства Константина о признании за ним права на вступление во второй брак категорически отрицал это право, отказывался подчиниться непохвальному решению императора, предпочитая скорее перенести тяжелые наказания и даже смерть, чем исполнить его волю о заключении брака с Феодотой. Когда увещания патриарха не достигли цели и император продолжил настаивать на втором браке, патриарх Тарасий пригрозил ему отлучением от Святого Причастия. Встретив достойное противодействие со стороны патриарха, Константин VI в гневе заявил, что, если патриарх не подчинится его воле, он восстановит в Церкви иконоборческую смуту и вновь начнет гонения на святые иконы