В это же время произошел конфликт с представителем НКЮ в Комиссии М.Ю. Козловским, который, едва успев ознакомиться с некоторыми делами ВЧК, выразил решительный протест против ее методов. В результате ЦК РКП(б) рекомендовало НКЮ заменить Козловского, отношение которого к деятельности ВЧК носило «не столько деловой характер, сколько злобное отношение»[168].

Необходимо отметить, что сложившийся кризис во взаимоотношениях ведомств был в том числе спровоцирован и самой ВЧК, допустившей ряд ошибок, усложнивших и без того непростое положение. Так, в «Еженедельнике ЧК» вышла публикация «Хватит миндальничать», которую резко осудил ЦК РКП(б)[169]. На местах и в центре чекистами были возбуждены громкие дела, фигурантами которых были видные большевики и советские чиновники[170]. Так, летом 1918 г. И.А. Визнер вступил в конфликт с местной партийной элитой Брянска. 19 августа 1918 г. он обратился с письмом к Ф.Э. Дзержинскому, в котором указывал, что руководство города было арестовано в связи с подозрением в разных хищениях. Общая ответственность в случившемся была возложена на старого большевика председателя Совдепа Фомина, который на то время находился в Москве с целью опротестовать арест своих товарищей. Положение И.А. Визнера осложнилось тем, что доказать виновность обвиняемых ему не удалось, а благодаря сильным амбициям начальника уголовного подотдела Отдела по борьбе с преступлениями по должности внутри ВЧК назрело недовольство его действиями. В результате Президиум ВЧК на заседании 31 декабря, «не предрешая виновности» И.А. Визнера, решил его задержать и провести негласное расследование.

В итоге, в декабре 1918 г. критика деятельности ВЧК достигла апогея. Президиум ВЦИК 26 декабря 1918 г. назначил специальную ревизионную комиссию для проверки работы ВЧК[171]. 8 января 1919 г. Л.Б. Каменев направил В.И. Ленину проект резолюции о реформе революционных трибуналов и чрезвычайных комиссий, который предусматривал немедленную ликвидацию ВЧК и всех ее местных органов. Практически одновременно в ВЧК был принят проект о ВЧК и губЧК, который был представлен В.И. Ленину[172]. Оба проекта были вынесены на решение партии. ЦК выразил доверие ЧК, а Ф.Э. Дзержинскому удалось отстоять компромиссный проект о реорганизации ЧК и ревтрибуналов. Однако было принято решение об упразднении уездных ЧК[173].

Вся ответственность за деятельность ВЧК была возложена на ее Коллегию, как в центре, так и на местах. Ее постановления могли быть обжалованы в СНК и ВЦИК, которым ВЧК отчитывалась ежемесячно. Причем, в отличие от губЧК постановления ВЧК не приостанавливались. В случае спорных вопросов местные исполкомы должны были обращаться в ВЧК[174].

Произошли изменения и в организации работы линейных отделов ВЧК. Основным структурным подразделением в ВЧК и в ее органах становится Секретно-оперативный отдел, из которого впоследствии была выделена оперативная часть. Такие изменения ознаменовали повсеместный переход на негласные методы работы.

Упразднение уездных ЧК не пошло на пользу их деятельности. Эта реформа повлекла за собой массу дополнительных хлопот и увеличение нагрузки на чекистов, что само по себе осложнялось условиями Гражданской войны и становлением нового государственного аппарата. В связи с упразднением уездных ЧК всем командирам батальонов войск ВЧК было приказано приступить к стягиванию всех частей, расположенных по уездам, в города. При этом предписывалось забирать имущество, как движимое, так и не движимое[175]. Изменилась и штатная структура губЧК, на которых, в связи с ликвидацией уездных ЧК, была возложена «вся ответственность за борьбу с контрреволюцией, спекуляцией и преступлениями по должности на территории губернии». Кроме того, сам механический процесс ликвидации сопровождался целым комплексом работ, включающих и передачу ценностей, вещей и дел