Разгоравшаяся Гражданская война и обострение внутренней политической ситуации привело, как уже отмечалось, к дальнейшему расширению задач ВЧК. В связи со стратегическим значением железных дорог постановлением СНК от 7 августа 1918 г. был организован Железнодорожный отдел при ВЧК. В стране создавалась сеть железнодорожных отделов при каждой ГубЧК, отделений на крупных стациях, узлах и конечных пунктах и комиссаров на маленьких станциях. Кроме того, вводилось деление железной дороги на 8 округов, в которых образовывались окружные железнодорожные отделы[153].

Особая роль в условиях военного времени отводилась обеспечению безопасности в армейских подразделениях и организации контрразведки. Еще в январе 1918 г. Ф.Э. Дзержинский поднимал вопрос о ликвидации старой контрразведки и передаче ее функций в органы ВЧК, но тогда он не нашел поддержки в руководстве Советской Республики. С весны 1918 г. контрразведка была сосредоточена в Военном контроле, который являлся преемником соответствующих структур Временного правительства. В марте 1918 г. он перешел в подчинение Революционного военного совета Республики (РВСР). Однако 9 апреля 1918 г. на заседании ВЧК было вынесено предложение выделить в Отделе по борьбе с контрреволюций специальное подразделение для такой работы в военной среде. Говорить о специальной структуре в органах ВЧК было еще рано из-за отсутствия подразделений на местах, да и сама разведка Контрреволюционного отдела не имела соответствующего аппарата. Следовательно, процесс формирования контрразведки в органах ВЧК проходил одновременно со становлением органов Военного контроля с преобладающим развитием последних. К осени 1918 г. в аппарат Военного контроля входило 8 фронтовых и окружных отделов, 13 отделений и 23 пункта [154].

С началом чехословацкого мятежа в июне 1918 г. часть работы по борьбе с контрреволюцией взяли на себя ЧК Поволжья. Однако жизнь скоро показала, что деятельность одних лишь местных ЧК недостаточна в деле укрепления боеспособности армии и тыла. В июле 1918 г. было принято постановление СНК «О создании Чрезвычайной комиссии на Чехословацком фронте»[155]. В «Положении-инструкции армейским чрезвычайкомам по борьбе с контрреволюцией на Чехословацком фронте» основная задача армейских ЧК формулировалась как «борьба с контрреволюцией во всех ее проявлениях, шпионажем, пьянством, преступлениями по должности и т. п. в армейской среде»[156]. С этого времени начался процесс создания фронтовых и армейских ЧК.

С сентября 1918 г. по август 1920 г. наблюдается время поиска организационных решений и места ВЧК в системе управления государством. На этот процесс оказывали влияние, с одной стороны, ситуация с местными ЧК, с другой – внутриполитическая обстановка, а также характер борьбы с контрреволюцией. Стихийная организация чекистских органов на местах привела к целому ряду проблем. В сентябре 1918 г. Иногородний отдел отмечал, что слабо налажена связь губЧК с ВЧК и еще хуже уездных ЧК с губЧК. Местные ЧК при отсутствии контроля понимали по-своему задачу проведения «красного террора», а также, с организационной точки зрения, без связи с центром чувствовали себя «очень слабо».

Неопределённость правового статуса ВЧК, имевшей большие полномочия в осуществлении «красного террора», способствовала усилению нападок на нее со стороны местных исполкомов, Наркомата юстиции (НКЮ) и Наркомата внутренних дел (НКВД). В органах центральной власти наиболее активно против ВЧК выступал НКЮ, который еще во главе с И.З. Штейнбергом встал в оппозицию чекистам. Основной причиной конфликта были слишком широкие полномочия чекистов, которые создавали массу проблем с соблюдением законности. Судя по материалам НКЮ, жалоб на неправомерность действий органов ВЧК хватало