Определенные нападки на органы ВЧК были и со стороны НКВД, который в сентябре 1918 г. разослал всем губернским и уездным исполкомам телеграмму с предложением высказаться по вопросу подчиненности ЧК. Отмечалось, что ВЧК настаивает на самостоятельности местных ЧК, а НКВД – на необходимости их включения на правах подотдела с определенной автономией в отдел управления исполкома. Большинство местных исполкомов поддержали последнюю точку зрения[158]. В недрах НКВД в это время появился доклад начальника Центрального управления уголовно-розыскного подотдела о деятельности чекистов. В нем указывалось, что вмешательство «деятелей» ВЧК в работу этого подотдела создавало такую атмосферу, в которой «разобраться нельзя»[159].

В этих условиях как партийной властью, так и руководством чекистов предпринимался ряд шагов по поиску выхода из кризиса. Во-первых, 29 сентября 1918 г. выходит сообщение о создании при ВЧК контрольно-ревизионной коллегии, призванной бороться с грабежами, взяточничеством и шантажом со стороны лиц, состоящих на советской службе[160]. Впоследствии в состав этого контролирующего органа были введены представители Центрального комитета Российской коммунистической партии (большевиков) (ЦК РКП[б]), НКВД и НКЮ, а также было предоставлено право опротестования постановлений отделов и применения высшей меры наказания[161].

Во-вторых, во избежание произвольных форм в организации местных ЧК в сентябре 1918 г. было принято «Положение ВЧК о губернских и уездных чрезвычайных комиссиях», предписывающее в обязательном порядке включать в структуру местных ЧК 4 главных отдела: Отдел по борьбе с контрреволюцией, Отдел по борьбе со спекуляцией, Отдел по борьбе с преступлениями по должности и Иногородний отдел[162].

В-третьих, в начале октября в ЦК РКП(б) созревает решение составить проект положения о ВЧК, ее взаимоотношениях с другими комиссариатами как в центре, так и на местах. Эта задача была возложена в ВЧК на комиссию из Я.Х. Петерса, И.Н. Полукарова и В.В. Фомина[163]. 28 октября 1918 г. Президиум ВЦИК принял «Положение о Всероссийской и местных чрезвычайных комиссиях», согласно которому ВЧК являлась органом исполнительной власти и подчинялась СНК. Председатели местных ЧК избирались исполкомами и утверждались ВЧК. Постановления местных чрезвычайных комиссий могли отменить или приостановить только ЧК вышестоящей инстанции[164]. Между тем, Положение о ВЧК хотя и определяло правовой статус Комиссии, но лишь в общих чертах, что предопределило появление новых междуведомственных конфликтов.

В-четвертых, на заседании Президиума ВЧК 15 ноября 1918 г. приняли Положение о Коллегии из 9 членов во главе с председателем[165]. Решение было обосновано как вопросами повышения контроля за действиями ВЧК, так и необходимостью усовершенствования управления ВЧК. Однако персональный состав Коллегии официально был утвержден постановлением СНК РСФСР только 27 марта 1919 г. в количестве 14 человек[166]. Связано это было как раз с кризисом ВЧК, вызванным возросшим количеством претензий

Механизм налаживания взаимоотношений через Контрольно-ревизионную комиссию оказался нежизнеспособным. В декабре 1918 г. появился доклад М.Я. Лациса о ее деятельности в ВЧК в качестве представителя НКВД. В нем отмечалось, что Контрольно-ревизионная комиссия не может успешно работать, так как члены этой Комиссии были сотрудниками ВЧК, к тому же всякие попытки контроля оборачивались сопротивлением со стороны ВЧК. Но главной проблемой автор доклада считал отсутствие координации взаимодействия районных ЧК, уголовной милиции и ВЧК. Попытка наладить это взаимодействие успеха не имела, и Лацис просился в Прибалтийский край