«Просвещенная императрица» не могла не понимать, что пытка как средство получения показаний все более и более становится анахронизмом в глазах как отечественного, так и европейского общественного мнения, симпатии которого она так настойчиво старалась завоевать. В указе Сенату от 15 января 1763 г. по этому поводу говорилось: «Чтобы всех тех, кои в разные преступления впадают, обратить к чистому признанию больше милосердием и увещанием, а особливо изысканием по происшедшим в разные времена околичностям, нежели строгостью и истязанием, но стараться как возможно при таких обстоятельствах кровопролитие уменьшить». Далее подчеркивалось: «Когда при следствии какого дела неминуемо дойдет до пытки, в таком случае поступать с крайнею осторожностью и рассмотрением, и паче всего при том наблюдать, дабы иногда с винными и невинные истязания напрасно претерпеть не могли». Тем не менее пытка сохранялась как последний способ вырвать у подследственного истину: «Если же все способы не предуспевают, в таком уж случае дошедших к пыткам по законам пытать».

Сужение сферы применения пытки постарались заполнить действием религии. Для получения правдивых показаний с обвиняемым, равно как и с доносчиком, в начале следствия беседовал тюремный священник Петропавловской крепости, чьи действия стали называться «увещевание священническое». Важнейшей целью следователей как в рясах, так и в партикулярном платье было добиться от допрашиваемого не только чистосердечного признания, но и раскаяния в содеянном. Раскаяние под угрозой применения пытки в случае упорствования быстро превратилось в высшую форму признания под воздействием религиозного чувства. Широкому внедрению его в следственную практику в немалой степени способствовала и показная набожность С.И. Шешковского, отмечаемая современниками. При этом ставшее ритуалом раскаяние чрезвычайно упрощало розыск, делая ненужным не только улики и доказательства, но и пытку как способ получения признаний. Пытать в Екатерининскую эпоху действительно стали несколько реже, однако сенатское постановление от 15 мая 1767 г. указывало, что «пытки же производить, если же со увещевания не признаются». Окончательно пытки были отменены Александром I лишь в 1801 г.

Помимо некоторого ограничения пыток, Екатерина II внесла в деятельность политического сыска два важных новшества. Во-первых, она распорядилась засылать лазутчиков в места массового скопления людей для подслушивания разговоров. Московский главнокомандующий князь М.Н. Волконский 13 декабря 1773 г. так характеризовал императрице свою деятельность на этом поприще: «Употреблять надежных людей для подслушивания разговоров публики в публичных собраниях, как-то: в рядах, банях, кабаках, что уже и исполняется, а между дворянством также всякие разговоры примечаются». Секретными агентами в собственном смысле слова такие «слухачи» еще не являлись, но были, безусловно, их предшественниками. Екатерина II желала знать не только что говорят, но и что пишут ее подданные, и вторым ее нововведением стала перлюстрация корреспонденции, т. е. ознакомление с письмами без ведома отправителя и получателя. На почтамтах письма аккуратно вскрывали, переписывали, а оригиналы отправляли по назначению. Вызывавшие по тем или иным причинам интерес письма отправлялись в Тайную экспедицию, а иногда попадали на стол к самой императрице. Перлюстрация стала дополнительным источником информации, и если добытые таким путем сведения заслуживали внимания, то начинался стандартный розыск с арестом подозреваемых, допросами свидетелей и т.п.