Однако, став императрицей, она быстро забыла свои мысли относительно гласности при расследовании важнейших преступлений и, как и ее предшественники, вновь сделала ставку на тайный орган госбезопасности, замаскированный на этот раз от посторонних глаз. Позднее, в законодательной записке о будущем устройстве Российской империи, Екатерина II так сформулировала свое мнение по поводу функций данного органа. Тайная экспедиция, по ее убеждению, во-первых, должна собирать сведения «о всех преступлениях противу правления» и, во-вторых, «велит преступников имать под стражу и соберет все обстоятельства», т.е. осуществляет арест злоумышленников и проводит расследование по их делам. Исследователь проблемы Н.Б. Голикова так оценивает результаты проведенной императрицей реорганизации: «Передача Тайной экспедиции в ведение генерал-прокурора обеспечивала органам политического сыска максимальную централизацию, независимость от других учреждений и сохранение наиболее полной секретности при расследовании политических процессов». Не следует думать, что замаскированный орган госбезопасности был подчинен собственно Сенату как высшему государственному учреждению, при котором он формально числился. Как и раньше, структура политического сыска вновь замыкалась напрямую на персоне самодержца, на этот раз благодаря посредству генерал-прокурора Сената, игравшего, по большому счету, роль передаточного звена.

Как свидетельствуют источники, Екатерина II действительно знала толк в политическом сыске и лично вникала во все тонкости того, «что до Тайной касается». Причина подобного пристрастия императрицы вполне объяснима, поскольку власть ее первоначально не была особенно прочна. Это впоследствии время правления Екатерины стало восприниматься дворянством как счастливый «золотой век», а вначале оно далеко не единодушно признало ее право на власть. Часть дворян вообще желала видеть на престоле малолетнего сына Екатерины II Павла, причем совершеннолетие последнего дало новый толчок подобным настроениям. Спустя два года после воцарения Екатерины офицер В. Мирович попытался осуществить государственный переворот и освободить заключенного в Шлиссельбургской крепости Иоанна Антоновича, также имевшего все права на корону, поскольку после смерти Анны Иоанновны именно он был провозглашен императором. Скоропостижная смерть мужа Екатерины Петра III была более чем подозрительна даже для непосвященных и закономерно породила слухи о том, что законный император жив, но где-то скрывается. Подобные настроения привели к появлению целого ряда самозванцев, несших в себе огромную потенциальную угрозу неверной супруге. «Золотой век» дворянства обернулся для крестьян дальнейшим усилением крепостного гнета, на что ответом стала последняя грандиозная крестьянская война 1773–1775 гг. под предводительством Е. Пугачева, который также объявил себя императором Петром III. Расследованием причин восстания, потрясшего сами устои Российской империи, также занималась госбезопасность. Поскольку личная жизнь императрицы была весьма далека от аскетизма, то многочисленные слухи, сплетни, шутки и прибаутки, ходившие по этому поводу в народе, также составляли предмет неослабевающего интереса политического сыска. И это были лишь некоторые причины, побуждавшие Екатерину II сохранять специальный орган для осуществления этого специфичного вида государственной деятельности.

Подавляющее большинство дел, по которым вел следствие этот «новый-старый» орган госбезопасности, как и прежде, были так или иначе связаны с «первыми двумя пунктами» указов 1715 и 1730 гг. Через Тайную экспедицию прошли в основном разбирательства по всем политическим процессам того времени. Являвшийся формально главой Экспедиции генерал-прокурор Сената А.И. Глебов лично докладывал о ее деятельности императрице, от которой получал указания, и, помимо нее, не был обязан отчитываться по этим вопросам ни перед кем. В 1764 г. Екатерина сместила А.И. Глебова и назначила генерал-прокурором князя А.А. Вяземского. Фактически же политическим сыском в империи руководил обер-секретарь Экспедиции С.И. Шешковский, бессменно занимавший этот пост в течение целых 30 лет.