Важнейшим органом, ведавшим политическим сыском, в Департаменте полиции был Особый отдел. Первоначально он входил в состав Третьего делопроизводства, занимаясь разработкой секретных сведений и перлюстрацией писем. Как самостоятельная структура он выделяется из него через 17 лет после создания Департамента полиции, 1 января 1898 г. Это было обусловлено как бурным ростом рабочего движения (число стачек с 77 в 1894 г. возрастает до 258 в 1897 г.), так и значительным движением объема ведомственной документации.

«В ближайшем будущем, – отмечал в 1898 г. директор Департамента полиции С. Э. Зволянский, – предвидится еще более быстрое возрастание дел, ввиду увеличивающегося рабочего движения и признанной необходимости упорядочения розыскного дела в более крупных центрах».

Третье же делопроизводство даже «при самых напряженных усилиях не могло справиться с такой непосильной работой».

Для хранения и систематизации поступающей в Департамент полиции информации в 1907 г. в его составе был образован специальный Регистрационный отдел, в котором на базе переданных ему из отдельных делопроизводств учетных карточек была сформирована общая картотека департамента. Сведения о социал-демократах заносились на синие карточки, об эсерах – на красные, анархистах – на зеленые, кадетах – на белые, студентах – на желтые. Всего в картотеке было собрано около 2,5 млн карточек. На основании этих данных в Департаменте полиции составлялись списки лиц, подлежащих всероссийскому политическому розыску. Как следует из материалов архивов полиции, все разыскиваемые по спискам делились на несколько групп:

«1. Лица, подлежащие немедленному аресту и обыску, включались в список А 2. Социалисты-революционеры, максималисты и анархисты выделялись в особый список А 1.

2. Разыскиваемые лица всех прочих категорий, по обнаружении которых следовало, не подвергая их ни обыску, ни аресту, ограничиться установлением наблюдения, надзора или сообщением об их обнаружении разыскивающему учреждению, включались в список Б 1. Лица, которым въезд в империю запрещался или же которые были высланы безвозвратно или на известных условиях за границу, а равно подлежащие особому наблюдению иностранцы, выделялись в список Б 2.

3. Сведения о неопознанных революционерах с приложением фотографий на предмет опознания и установления личности включались в список В.

4. Сведения о лицах, розыск которых подлежит прекращению, помещались в список Г...».

Важнейшими звеньями системы политического сыска Российской империи являлись местные органы Департамента полиции – Охранные отделения (охранка), кратковременный расцвет которых приходится на период правления Николая II. Еще в 1866 г. после выстрела Каракозова при Петербургском градоначальстве был создан новый орган политического сыска – Отделение по охранению общественного порядка и спокойствия в столице. Однако вплоть до назначения М.Т. Лорис-Меликова на пост министра внутренних дел оно влачило жалкое существование. В 1880 г. новый министр приказывает создать Секретно-розыскное отделение при канцелярии московского обер-полицмейстера. Петербургское охранное отделение состояло из 12 сотрудников, московское – из 6. В утвержденных для этих отделений инструкциях указывалось, что они учреждены «для производства негласных и иных розысков и расследований по делам о государственных преступлениях с целью предупреждения и пресечения последних». Тогда же, в 1880 г., возникает третье охранное отделение – в Варшаве. Стремительное развитие новая организационная структура получает в начале прошлого века, что объясняется как ослаблением координации действий между Департаментом полиции и Отдельным корпусом жандармов, так и лавинообразным ростом числа подпольных революционных организаций, охвативших сетью своих кружков целые регионы. К концу 1902 г. министр внутренних дел В.К. Плеве создает розыскные отделения еще в восьми городах: Вильно, Екатеринославе, Казани, Киеве, Одессе, Саратове, Тифлисе и Харькове. В следующем году по ходатайству начальников этих органов они из розыскных переименовываются в охранные отделения. В 1906 г. начинается процесс создания районных охранных отделений, охватывавших несколько губерний (Московское – 12, Самарское – 11, Киевское – 5), и к концу года насчитывается уже 10 таких отделений. Создание промежуточных – между центром и губернскими городами – полицейских структур стимулировало и рост низовых охранных отделений.