Каждое охранное отделение состояло из канцелярии и отделов: наружного (филерского) наблюдения и агентурного, ведавшего внутренним наблюдением за подпольными организациями.

На роль носителя и распространителя «передового опыта» в масштабах России претендовало Московское охранное отделение во главе с ее начальником, жандармским полковником С.В. Зубатовым, занимавшим эту должность с 1896 по 1902 г., который даже организовал «летучий отряд филеров», сопровождавший московских революционеров по территории всей империи. Создание конкурирующей структуры вызвало недовольство руководства Отдельного корпуса жандармов, которое резко выступило против подобного новшества. В 1913 г. часть охранных отделений была ликвидирована, другая – переведена на положение розыскных пунктов. Со следующего года начался процесс упразднения районных охранных отделений, из которых к 1917 г. сохранились только три на окраинах империи – Туркестанское, Кавказское и Восточно-Сибирское.

Сумев разгромить в начале своей деятельности сравнительно немногочисленную «Народную волю», Департамент полиции спустя некоторое время столкнулся с гораздо более массовым рабочим и революционным движением, заставившим его перейти к новой тактике борьбы. Как впоследствии установил на основе секретных директив этого ведомства следователь Чрезвычайной следственной комиссии Временного правительства И. Молдавский, начиная с создания охранных отделений в 1903 г. политическая полиция делала главный упор на использование осведомителей и провокаторов. Окончательно закрепил переход от преимущественно наружного наблюдения к внедрению секретных агентов в подпольные организации министр внутренних дел и премьер-министр П.А. Столыпин в своих циркулярах от 10 февраля 1907 г. и 19 февраля 1911 г. Департамент полиции постепенно делает ставку не на полное подавление подполья, а на наводнение его своими секретными агентами-провокаторами, в идеале ставившими конспиративные организации под свой полный контроль. В своем завершенном виде эта идея была сформулирована начальником Петербургского охранного отделения полковником А.В. Герасимовым:

«Моя задача заключалась в том, чтобы в известных случаях сберечь от арестов и сохранить те центры революционных партий, в которых имеются верные и надежные агенты. Эту новую тактику диктовал мне учет существующей обстановки. В период революционного движения было бы неосуществимой, утопической задачей переловить всех революционеров, ликвидировать все организации. Но каждый арест революционного центра в этих условиях означал собой срыв работы сидящего в нем секретного агента и явный ущерб для всей работы политической полиции. Поэтому не целесообразнее ли держать под тщательным и систематическим контролем существующий революционный центр, не выпускать его из виду, держать его под стеклянным колпаком – ограничиваясь преимущественно индивидуальными арестами. Вот в общих чертах та схема постановки политического розыска и организации центральной агентуры, которую я проводил и которая, при всей сложности и опасности ее, имела положительное значение в борьбе с возобновившимся единоличным террором».

Хотя подобная тактика и могла незамедлительно принести значимые результаты, но в стратегическом плане борьбы с революционным движением она была неосуществимой полицейской утопией. Наиболее громкими успехами Департамента полиции на этом поприще явилось внедрение своих агентов Евно Азефа на пост руководителя «Боевой организации» эсеров и Романа Малиновского в ЦК РСДРП (в 1913 г. он возглавлял фракцию большевиков в IV Государственной думе), что, однако, не привело к установлению контроля над этими революционными партиями. Более того, провокация, нанося серьезный ущерб подпольным организациям, оказалась обоюдоострым оружием. Агент-провокатор Азеф организует убийство министра внутренних дел, шефа Отдельного корпуса жандармов Плеве и московского генерал-губернатора великого князя Сергея Александровича, а другой провокатор, Д. Богров, убивает премьер-министра Столыпина. Результаты наиболее крупномасштабных провокаций, связанных с именами Азефа, Талона, Малиновского, показывают, что в конечном итоге они принесли правящему режиму больше вреда, чем пользы. Что касается общей численности секретных агентов, то в результате частичного уничтожения полицейских архивных документов точно определить ее не представляется возможным. Оценки численности тайной агентуры Департамента полиции и местных учреждений политического сыска различными исследователями колеблются от 10 до 40 тысяч человек.