Третье, так называемое секретное, делопроизводство занималось вопросами политического сыска и руководило внутренней и заграничной агентурой Департамента полиции, охраной императора и его семьи, ведало наблюдением за революционной деятельностью в России, ее предупреждением и пресечением. Необходимая информация поступала в Департамент полиции по нескольким каналам: через перлюстрацию писем, внешнее филерское наблюдение и внутреннюю агентуру в лице осведомителей и секретных сотрудников. Если последние представляли из себя агентов, внедренных полицией в антиправительственные организации, то осведомители в них не состояли и потому не участвовали в противоправной деятельности. Как правило, осведомителей вербовали из числа дворников, лакеев, официантов и лиц других профессий, часто находящихся по роду своих занятий в местах большого скопления людей. Наиболее ценились именно секретные сотрудники, и инструкция 1907 г. по организации и ведению внутреннего наблюдения в жандармских и розыскных учреждениях особо подчеркивала:

«Следует всегда иметь в виду, что один, даже слабый секретный сотрудник, находящийся в обследуемой среде («партийный сотрудник»), несоизмеримо даст больше материала для обнаружения государственного преступления, чем общество, в котором официально может вращаться заведующий розыском. <...> Поэтому секретного сотрудника, находящегося в революционной среде или другом обследуемом обществе, никто и ничто заменить не может».

Убийство народовольцами императора Александра II 1 марта 1881 г. положило конец «диктатуре сердца» Лорис-Меликова, но не затронуло созданный им орган политического сыска, который вскоре даже расширился из образованных в 1883 г. двух новых делопроизводств (в дополнение к уже существовавшим).

Четвертое делопроизводство стало наблюдать за ходом политических дознаний в губернских жандармских управлениях. Оно было создано в марте 1883 г. и просуществовало до сентября 1902 г., когда было организовано очередное 7-е делопроизводство, куда перешли все его функции и документы.

«Новое 4-е делопроизводство было создано в январе 1907 года при очередной реорганизации Департамента полиции на базе второго отделения Особого отдела Департамента. На него были возложены обязанности наблюдения за рабочим и крестьянским движением, политическим направлением легальных обществ, земских союзов, городских и сословных учреждений, регистрация дел о прессе, монастырях»[42].

Пятое делопроизводство («исполнительное»). Было создано в 1883 г. на базе 2-го делопроизводства судебного отдела Министерства внутренних дел. В его функции входило составление докладов для Особого совещания под председательством товарища министра внутренних дел по вопросам об административной высылке ряда лиц в связи с их политической неблагонадежностью под гласный надзор полиции. Ведало перепиской по приведению в исполнение решений Особого совещания, надзором за применением учреждениями, подведомственными Министерству внутренних дел, «Положения о негласном надзоре» 1882 г. (до 1 января 1889 г.), «Положения о государственной охране», «Положения о гласном полицейском надзоре», правил о высылке, содержании в тюрьмах, об изменении положения о поднадзорных.

В июне 1912 г. 5-е делопроизводство было объединено с 6-м, и к нему перешли все его функции.

После очередной реорганизации в Департаменте в январе 1914 года функции 5-го делопроизводства были вновь уточнены. К этому времени, кроме подготовки материалов к докладу в Особом совещании, исполнения состоявшихся постановлений, составления докладов министру по пересмотру постановлений, в 5-м делопроизводстве стала производиться переписка по ходатайствам лиц, отбывающих ссылку, о лицах, высылаемых по распоряжению местных властей согласно правилам об усиленной и чрезвычайной охране, о высылке из пределов Кавказского, Степного, Туркестанского края на основании особых законоположений, о высылке из столицы разных лиц за нищенство и отсутствие паспорта в порядке особых законоположений, переписка о высылке конокрадов, доклады и переписка об отпуске кредитов на содержание, одежду, лечение и передвижение лиц, отбывающих ссылку и надзор, о лицах, бежавших с мест выселения, переписка о лицах, которым высылка в отдаленные местности губернии заменена выездом за границу на тот же срок»