Одним из существенных факторов, препятствовавших эффективной борьбе правительства с революционным движением, являлось соперничество между органами политического сыска, привыкшими действовать бесконтрольно, и новыми судебными органами, появившимися в результате либеральных реформ Александра II и ревниво защищавшими свои ведомственные права. В своем отчете за март 1880 г. член Верховной распорядительной комиссии, управляющий делами Комитета министров М.С. Каханов писал Лорис-Меликову, что соперничество между жандармами и прокуратурой крайне отрицательно сказывается на борьбе с государственными преступниками. Юридические рамки по каждой процедуре были настолько строгими, что малейшее отступление от них со стороны следователя или прокурора почти автоматически приводило к оправданию в суде самого злостного террориста. Кроме того, «неподлежащие воззрения» реформаторов в прокуратуре часто приводили к поражению правительственной стороны в судебных политических процессах и вызывали ответную резко негативную реакцию жандармов. В целях преодоления этих недостатков Верховная распорядительная комиссия пыталась объединить усилия всех административных и судебных органов, ранее созданных для борьбы с революционным движением, и ускорить следствие по делам о государственных преступлениях, равно как и упорядочить вопрос об административной ссылке и о полицейском надзоре. Стремясь ликвидировать крайне непопулярное в народе Третье отделение, Лорис-Меликов направил туда для ревизии члена комиссии сенатора И.И. Шамшина. Последний представил отчет, свидетельствовавший о чрезвычайно неудовлетворительном состоянии дел в этом ведомстве. Воспользовавшись временным затишьем революционного террора, глава Верховной распорядительной комиссии решил сделать эффектный жест в сторону либеральной общественности, добровольно «отказавшись» от своих диктаторских полномочий, и 26 июля 1880 г. подал императору доклад, в котором предложил одновременно ликвидировать как саму комиссию, так и Третье отделение, а их функции передать Министерству внутренних дел, на пост руководителя которого Лорис-Меликов прочил самого себя. Идея была одобрена Александром II, и 6 августа 1880 г. на свет появился царский указ «О закрытии Верховной Распорядительной Комиссии, упразднении III отделения собственной Его Императорского Величества канцелярии и об учреждении Министерства почт и телеграфа». Просуществовавший всего семь месяцев чрезвычайный орган прекратил свое существование, а его главный начальник, почти ничего не потерявший из своих властных полномочий, пересел в кресло министра внутренних дел.

Пункт второй указа от 6 августа 1880 г. гласил:

«III отделение Собственной нашей Канцелярии упразднить, с передачей дел оного в ведение министра внутренних дел, образовав особый для заведывания ими в составе Министерства внутренних дел Департамент государственной полиции...»

Так одновременно с упразднением старой структуры был создан последний в истории Российской империи орган государственной безопасности. У многих современников, привыкших к лицемерию царского правительства, возникло убеждение, что на деле произошла не ликвидация, а простое переименование органа политического сыска и вся реформа в очередной раз свелась к простому изменению вывески с сохранением прежнего кадрового состава. Либеральный журналист Г. Градовский, например, писал:

«При старом режиме были и хорошие, показные стороны в обособленном и независимом существовании III отделения, этой полиция над полицией или сверхполиции. На деле вышла пересадка, а не упразднение. Корпус жандармов с его шефством даже не умирал, а «отделение» превратилось в департамент государственной полиции. Все функции остались в неприкосновенности, а исчезла лишь прежняя возможность контроля над Министерством внутренних дел. При хорошем министре, в благополучные времена, такое совместительство было безвредно; но имели ли мы благожелательных министров внутренних дел после Лорис-Меликова?»