Великий князь включил в план исследовательских работ на территории Кремля, которые проводились «с Высочайшего соизволения», как подчеркнул Э. Тремер (то есть работы эти были согласованы с императором Александром III), ещё и поиски легендарной библиотеки, приблизительное месторасположение которой назвал иноземный гость.

Поиски в Кремле Э. Тремер проводил летом 1891 года. Начал он с восточной части Теремного дворца. Осмотрел подвалы. Отметил, что они прекрасно сохранились. Описал интерьеры подвалов: стены из белого камня, своды сложены из больших кирпичей. Пришёл к выводу, что увиденное им – это фрагменты дворца Василия IV (Конечно, Э. Тремер здесь имел ввиду Василия III, отца Ивана Грозного, это просто нечаянная ошибка иностранца), и даже предположил после внимательного изучения подвалов, что, возможно, они были сооружены ещё раньше, до того, как в Москве приступил к работам итальянский архитектор Алевиз Фрязин, а это времена правления Ивана III. Такой вывод Э. Тремера интересен тем, что женой Ивана III, напомним, была Софья Палеолог, которая и привезла в Москву разыскиваемые Э. Тремером книги. Также Э. Тремер упомянул о проведённом зондировании и о железном зонде, то есть у него было некое приспособление, предназначенное для обследования скрытых под землёй пустот и предметов. В нескольких местах были вскрыты полы и разобраны стены, исследовалась почва. Но никаких признаков подземных сооружений там не обнаружили.

Поиски не дали ожидаемых результатов. Но Э. Тремер не отчаялся. Изучив дополнительно имевшиеся в его распоряжении материалы, он предположил, что искать надо было не в восточной части Теремного дворца, а к западу от него. В церкви Воскрешения Лазаря или под ней.

С давних самых пор, когда ещё никаких каменных дворцов не было, а были деревянные терема, к тем покоям примыкала деревянная же церковь Воскрешения Лазаря. В 1393-1394 годах на её месте построили каменную. Это был заказ вдовы князя Дмитрия Донского княгини Евдокии. Новая церковь на долгие годы стала домовым храмом великих княгинь. В 1479 году храмовые своды обрушились. Предполагают, что это случилось при большом пожаре. Но в 1514-1518 годах итальянский архитектор Алевиз Новый надстроил церковь, используя уцелевшие при обрушении стены, и теперь конструкция сооружения изменилась. Древняя церковь Воскрешения Лазаря оказалась внизу, в подклете нового храма, стала его частью, а над нею теперь вознеслась церковь Рождества Богородицы. Впоследствии она перестраивалась. А церковь Воскрешения Лазаря постепенно перестала использоваться, вход в неё замуровали и на какое-то время о ней якобы попросту … забыли. Даже существует вот какая легенда. В 1838 году начались работы по возведению Большого Кремлёвского дворца. В этот комплекс должен был быть включён и Теремной дворец. Когда рабочие, которым надо было устроить лестницу в нижней части Теремного дворца, сделали пролом в стене, они неожиданно для себя увидели помещение, о существовании которого никто даже и не догадывался. Массивные каменные своды, древние белокаменные стены и столпы – два круглых в плане, два квадратных, ниши в стенах… Помещение было завалено мусором, здесь нашлись даже старые бочки с дёгтем. И якобы потребовалось некоторое время для того, чтобы понять, что же это такое. Оказалось – забытая церковь Воскрешения Лазаря. Сегодня это самое древнее сооружение на территории Москвы. Более древнего попросту нет. И именно здесь и следовало искать, как наметил Э. Тремер.

Он знал о том, что церковь эта древняя. Ему рассказывали о том, что её надолго «потеряли», попросту забыли о её существовании, потому что она была скрыта надстройками и пристройками более позднего времени. И точно так, как забыли о самой церкви, могли забыть и об укрытой где-то в ней царской библиотеке.