Но еще до того как этот союз был заключен, 25 июля 1798 г. Павел I направил указ Ф. Ф. Ушакову о выходе его с эскадрой к Дарданеллам для оказания, в случае просьбы турецкого правительства, военной помощи против французов. «По получении сего имеете вы со вверенною в команду вашу эскадрою немедленно отправиться в крейсерство около Дарданеллей, послав предварительно авизу из легких судов к министру нашему в Константинополе господину тайному советнику Томаре, известя его, что вы имеете повеление от нас, буде Порта потребует помощи, где бы то ни было, всею вашею эскадрою содействовать с ними, и буде от министра нашего получите уведомление о требовании от Блистательной Порты вашей помощи, то имеете тотчас следовать и содействовать с турецким флотом противу французов, хотя бы то и далее Константинополя случилось».

Спустя две недели император уточнил задачу флота: «…буде нужда потребует, можете действовать соединенно с турецким флотом как у Дарданелльских крепостей в Мраморном море, так и в самом Архипелаге; равномерно, имея мы союз и с Великобританией и одну цель с нею, благосостояние соединенных держав, дозволяем вам, когда обстоятельства потребуют, действовать соединенно с английскою эскадрою, находящейся в Средиземном море и делающею поиски над хищным французским флотом.

Пределы, до которых плавание ваше быть должно в Средиземном море, имеют распространиться не далее Египта, Кандии, Мореи и Венецианского залива, смотря по нужде и обстоятельствам…»

Эскадра под командованием Ф. Ф. Ушакова 13 августа 1798 г. вышла из Севастополя к Дарданеллам: 6 линейных кораблей, 7 фрегатов и 3 малых судна. На вооружении они имели 792 орудия и насчитывали 7406 человек команды, из них 1700 морских солдат. На всех судах кроме экипажей находились офицеры и солдаты морских полков – от 240 на 84 пушечных кораблях до 13 на акате.

Одновременно с выходом эскадры, в Константинополь на быстроходном авизо «Панагия Апотуменгано» отправился лейтенант А.Н. Тизенгаузен с письмами от Ф. Ф. Ушакова к министру двора, тайному советнику В. С. Томаре, с просьбой сообщить, достигнуто ли соглашение с Турцией о совместных действиях против французов и о возможности беспрепятственного входа в Босфор. 19 августа Томара пишет Ушакову письмо о решении Турции заключить с Россией оборонительный союз против французов.

При следовании эскадры к Босфору она попала в шторм, и корабль «Св. Троица» и акат «Ирина», получившие повреждения, были отправлены в Севастополь для исправления повреждений. В конце августа они присоединились к эскадре.

23 августа эскадра подошла к Босфору и на следующий день встала на якорь у Буюкдере – пригороде Константинополя. Султан и население турецкой столицы с восторгом приветствовали прибытие русской эскадры. Ей пришлось довольно долго простоять в Босфоре, пока шли переговоры с турками. На происходящих в присутствии Ф. Ф. Ушакова совещаниях русского посланника с великим визирем обсуждался план предстоящих действий русско-турецкого флота. В совещании принял участие также английский представитель С. Смит. Участники совещания приняли решение освободить от французов Ионические острова и оказать поддержку английским морским силам у берегов Египта.

Ионические острова (Корфу, Паксос, Левкада, Кефалония, Итака, Закинф (Занте), Китира (Цериго) и несколько мелких островов), протянувшиеся вдоль побережья Эпира и Мореи (Греции и Албании), а также города Бутринто, Парга, Превеза и Воница на побережье Эпира, принадлежавшие ранее Венеции, были присоединены в 1797 г. к владениям Франции по Кампоформийскому мирному договору. Ионические острова имели большое стратегическое значение, так как являлись ключевой позицией для продвижения в Турцию и обеспечивали возможность господства в Адриатике и в восточной части Средиземного моря. Наполеон подчеркивал: «Острова Корфу, Занте и Кефалония важнее для нас, чем вся Италия».