Павел 4 февраля 1798 г. подписал рескрипт командующему Черноморским флотом адмиралу Н.С. Мордвинову о приведении в готовность флота на случай нападения Турции: «Господин адмирал Мордвинов! Хотя теперь мы со стороны Оттоманской Порты не видим никаких предназначений к разрыву мира и теперешние вооружения единственно клонятся к усмирению бунтующего Пасван-оглу и его сообщников, но так как французы, завладев прилежащими к Турции берегами и островами Венецианской республики и таковым средством не возбудили бы турок к действию против нас, то почему и предписывается вам по прилагаемым при сем указам привести флоты и берега наши в безопасность, дабы не могли они сюрпризировать. Впрочем, пребываем к вам благосклонны. Павел».

Одновременно император приказал вооружить 12 линейных кораблей и необходимое число фрегатов. Флот должен был находиться в готовности в Севастополе, а легкие суда направить в крейсерство около Крымских берегов.

Известие о готовящейся в Тулоне экспедиции дошло и до России. Уже 9 апреля следует Указ Павла I Ф. Ф. Ушакову о приведении в боевую готовность флота на случай появления в Черном море французской эскадры.

Из опасения, что Тулонская эскадра в соединении с турками может угрожать нашим черноморским портам, спешно была вооружена в Севастополе эскадра из семи кораблей, пяти фрегатов и четырех мелких судов под командой вице-адмирала Ф. Ф. Ушакова, которому было предписано: «…не удаляясь от берегов Крыма, собирать посредством крейсеров, сведения о движении турецких и французских судов и быть готовым на случай неприятельских действий». В Петербурге еще не знали, с кем придется воевать Черноморскому флоту – с французами или турками? или с теми и другими?

Эскадра 5 мая вышла из Севастополя в крейсерство. Обойдя Таврические берега и Тендру, 15 мая она прибыла в Одессу. Затем вернулась в Севастополь. В июне эскадра вновь выходила в крейсерство.

Указ Павла I Ф. Ф. Ушакову о вступлении в бой с французской эскадрой, в случае ее появления в Черном море 13 мая 1798: «Коль скоро получите известие, что французская эскадра покусится войти в Черное море, то немедленно, сыскав оную, дать решительное сражение, и мы надеемся на ваше мужество, храбрость и искусство, что честь нашего флага соблюдена будет, разве бы оная была гораздо превосходнее нашей, в таком случае делать вам все то, что требует долг и обязанность, дабы всеми случаями вы могли воспользоваться к нанесению вреда неприятелям нашим».

В действительности, как говорилось выше, французский флот с крупным десантом готовился в это время к намеченной Египетской экспедиции под начальством Бонапарта. С целью отвлечения внимания от истинной цели экспедиции французскими агентами усиленно распространялись слухи о том, что она предназначается в том числе и в Морею.

От хозяина купеческого судна, пришедшего 17 июля в Севастополь, были получены сведения о появлении вблизи острова Кандия большого числа французских судов, направляющихся в Египет. Об этом Ф. Ф. Ушаков сразу же направил рапорт Павлу.

Угроза со стороны Франции сблизила еще совсем недавно непримиримых врагов – Россию и Турцию. Турция наравне с Россией была поражена известием о походе Бонапарта в Египет, входивший в состав Османской империи. Гнев султана не поддавался описанию. Разгневан был и российский император. Ведь в прошлом году Бонапарт уже прибрал к рукам Венецию, ее корабли и верфи на Ионических островах. Мальта, Венеция, Египет – каждое новое сделанное французами завоевание толкает Россию к союзу с Турцией. И они действительно заключают союз. Это случилось 3 января 1799 г. Мир между Россией и Турцией будет длиться восемь лет.