16 сентября было получено Высочайшее повеление – возвращаться в Россию. «Александру Невскому» приказано из-за ветхости идти в английский порт на соединение с эскадрой М. К. Макарова, контр-адмиралу К.Е. фон Брейеру с остальными судами идти в Россию.

В начале 1800 г. в портах Англии находились 14 кораблей («Елисавета», «Всеволод», «Мстислав», «Болеслав», «Ретвизан», «Иона», «Александр Невский», «Северный Орел», «София-Магдалина», «Св. Петр», «Европа», «Иануарий», «Михаил», «Эмгейтен»), 6 фрегатов («Счастливый», «Рига», «Рафаил», «Венус», «Николай», «Константин»), катер «Диспач» и два транспорта. Кроме них в Англии находились суда Архангелогородской эскадры, сильно пострадавшие от штормов в 1799 г.

В конце мая суда М. К. Макарова, Е. Е. Тета и К.Е. фон Брейера собрались на Портсмутском рейде: На суда начали перевозить русские войска с английских судов. Всего принято 3185 человек. Остальные войска были отправлены в июле на русских и английских судах.

Первой в Россию 5 июня ушла эскадра К.Е. фон Брейера, 25 июня она пришла в Кронштадт.

19 июня остальные суда эскадр под командованием вице-адмиралов М. К. Макарова и Е. Е. Тета покинули Англию и, зайдя в Копенгаген, 9 июля прибыли на Ревельский рейд.

Фрегаты «Рига» и «Константин» были посланы в Ла-Манш для снятия русских войск с островов Гернзей и Жирзней. 19 июня они, придя к островам, сняли 214 русских солдат. 30 июня фрегаты вышли в море, сопровождая английские транспорты с русскими войсками. В начале августа фрегаты пришли в Ревель, а затем – в Кронштадт.

В Портсмуте остались корабль «Европа» – ожидал оставшиеся войска, транспортное судно «Ландфрейнд» для погрузки артиллерии, которую англичане передавали вместо потерянной русскими войсками в Голландии. В Ширнесе для исправления повреждений стояли корабли «Ярослав», «Москва», фрегаты «Феодосий Тотемский», «Рафаил» и в Лите фрегат «Тихвинская Богородица». Все они переданы под командование вице-адмирала Б.А. Баратынского, с предписанием по готовности судов перейти немедленно в Портсмут и посадив войска следовать в Ревель.

Вице-адмирал Б. А. Баратынский в середине июля с отрядом пришел в Портсмут. Приняв на борт 700 человек войск, суда 19 июля вышли из Портсмута. С русской эскадрой шли два английских транспорта, выделенные специально для перевозки 275 человек больных. Эскадра, зайдя в Копенгаген и из-за противных ветров дважды делая остановки, вставая на якорь, 3 сентября пришла на Ревельский рейд.

Последним 3 июля Англию покинули корабль «Европа», принявший 200 человек войск и взяв под конвой транспорт «Ландфрейнд» с полевой артиллерией и 22 английских транспорта с войсками. 6 август конвой прибыл в Кронштадт.

Конец голландской экспедиции император Павел I оценил по-своему. Щедро наградив чинов флота, государь почти не дал наград сухопутным войскам. Русский флот при блокаде Голландии удачно выполнил цель, с которой был послан – оказание содействия Англии. Успех флота у берегов Голландии, как при тяжелой блокаде Текселя в условиях бурной погоды, так и в атаке крепости Гельдер, произведенной судами и десантом, по справедливости заслужили признательности государя.

На юге основным противником России в 1797–1798 гг. по-прежнему считалась Турция. В начале 1797 г. от капитанов торговых судов, приходящих в Одессу, стало известно о военных приготовлениях Турции. Их парусный и гребной флоты были приведены в довольно хорошее состояние. На многих островах в Архипелаге и на Черном море в Синопе строились новые корабли и фрегаты, а на Дунае – гребные суда. На оружейном константинопольском заводе под руководством французов изготавливались ружья по европейскому образцу, лились пушки.