Золотой крест за взятие Очакова (1788 г.), Золотой крест за Прейсиш-Эйслау (1807 г.), медаль за взятие Парижа (1814 г.), прусский орден Красного орла (1807 г.), прусский орден Черного Орла (1813 г.), австрийский Военный орден Марии Терезии командор (1813 г.), шведский Военный орден Меча 1-й степени (1814 г.), французские ордена Почётного легиона 1-й степени (1815 г.) и Св. Людовика (1816 г.), нидерландский Военный орден Вильгельма 1-й степени (1815 г.), саксонский Военный орден Св. Генриха 1-й степени (1815 г.), английский орден Бани Большого креста 1-й степени (1815 г.). А также английская шпага с алмазами (1816 г.) и золотая шпага с алмазами и лаврами с надписью «за 20 января 1814 г. – Ла-Ротьер» (1814 г.)
В войне 1805 года с Наполеоном Барклаю участвовать не довелось: войска Л. Л. Беннигсена, в которых он находился, шедшие на соединение с М. И. Кутузовым, уже на марше настигло известие о разгроме союзников под Аустерлицем. Пришлось возвращаться на зимние квартиры. Зато в Польской кампании 1806—1807 гг. Барклай командовал дивизией в армии все того же Беннигсена. Михаил Богданович отличился в сражении под Пултуском в декабре 1806 г., где руководил передовым отрядом из пяти полков (три егерских, Тенгинский мушкетерский и Польский конный). Затем при Янкове (Ионкендорфе), Ландсберге и Гоффе, он, будучи в арьергарде, проявил бесстрашие и хладнокровие. Под Ландсбергом Барклай потерял половину солдат: отступавший с барабанным боем последним Костромской пехотный полк почти полностью полег, вырубленный свежей кирасирской дивизией французов. И все же Барклай выдержал напор почти всей французской армии, ведомой самим Бонапартом, дав возможность Беннигсену собрать силы на позиции под Прейсиш-Эйлау (ныне город Багратионовск Калининградской области). Пока Беннигсен устраивался на выбранной позиции, расставлял батареи, обескровленные полки Барклая стояли до последнего на окраине Прейсиш-Эйлау, отбивая атаки корпуса французского маршала Сульта. Сам Барклай постоянно находился в огне, получил тяжелое ранение в правую руку, но продолжал командовать, пока не потерял сознание и его не вынесли с поля боя под огнем противника.
Кстати, уже в Тильзите Бонапарт поинтересовался у Александра I, кто же это целый день сдерживал его солдат у польской деревушки Гофф, и получил исчерпывающе лаконичный ответ: «Генерал Барклай-де-Толли… » Позднее Наполеон вспомнил это имя.
Именно в тех «пред-прейсиш-эйлауских» боях проявилась еще одна весьма примечательная полководческая черта Барклая – готовность к самопожертвованию.
Но геройство под Прейсиш-Эйлау далось Барклаю дорого. Более года он лечился: врачи вынули около 40 обломков раздробленной кости. В Мемеле (ныне
Клайпеда) тяжелобольного Барклая посетил Александр I, который поручил лечение генерала своему придворному врачу англичанину Я. В. Виллие. Пользуясь случаем, Михаил Богданович дельно изложил государю свое видение будущей войны с Наполеоном. Барклай советовал придать ей изматывающий характер и вынуждать противника, продвигаясь в глубь России, оставлять в качестве гарнизонов значительные силы, что неизбежно уменьшит армию захватчика. Идеи Барклая показались императору обоснованными, и он решил взять их за основу будущего плана военных действий. Если верить мемуарам главного интенданта французской армии графа Матье Дюма, Наполеону докладывали о намерении русского командования дать ему «вторую Полтаву» на… берегах Волги, а то и много далее. Да и сам Бонапарт, уже будучи на острове Святой Елены признавал, что его предупреждали о коварстве «московитов».