Барклай ясно предвидел, что очередная война с Наполеоном будет «ужаснейшая по намерениям, единственная по роду своему и важнейшая по последствиям», но ради осторожности не считал возможным «предварить публику о критическом положении отечества» и предпочел переносить оскорбления и нападки, «спокойно ожидая оправданий от самых последствий». Силы Наполеона были так велики, что не представлялось возможным вести даже простую оборонительную войну. Следовало придумать нечто совершенно экстраординарное. Основные идеи своего плана Барклай изложил царю в специальной записке, где в качестве основной тыловой базы указывал Москву – «главное хранилище, из которого истекают действительные к войне способы и силы». Де-Толли предлагал отступать и «завлекши неприятеля в недра самого отечества, заставить его ценою крови приобретать каждый шаг, каждое средство к подкреплению и даже к существованию своему, а наконец истощив силы его с меньшим, сколько возможно, пролитием своей крови, нанести ему удар решительнейший».

Ф. А. Рубо. Бородинская битва. Фрагмент. 1912 г.

С марта 1812 г. Барклай командовал размещенной на границе Российской империи в Литве 1-й Западной армией. Под его началом были боевые генералы: П. X. Витгенштейн, К. Ф. Багговут, Н. А. и А. А. Тучковы, Д. С. Дохтуров, Ф. П. Уваров, донской атаман М. И. Платов – будущие герои Отечественной войны. Именно под рукой у Барклая оказалась гвардия во главе с цесаревичем Константином Павловичем – ярым сторонником наступательной войны. Министерство временно передали в руки генерал-лейтенанта князя Алекс. И. Горчакова 1-го.

После перехода французских войск через Неман Барклай и командовавший 2-й Западной армией Багратион поодиночке начали отступление на восток, тем самым сразу нарушив планы противника, надеявшегося быстро окружить русскую армию и разбить ее в одном сражении. Правда, между командующими далеко не все было гладко. Багратион, имевший старшинство в чине (он раньше Барклая-де-Толли стал генералом) считал, что не обязан безоговорочно выполнять распоряжения соседа. К тому же последний так и не был официально возведен в должность главнокомандующего.

Александр I сам желал играть первую роль в армии. Однако фиаско под Аустерлицем, когда ему пришлось со слезами на глазах наблюдать, как русскую армию, состоявшую из непобедимых суворовских солдат, разбили наголову, научило императора осторожности. Тогда он сказал о Наполеоне: «Мы все словно младенцы в руках этого гиганта!» Теперь этот враг пришел в Россию, и было бы крайне недальновидно принимать всю ответственность за отступление на себя. Поэтому государь не решился взять на себя бремя главнокомандующего. Александр I предпочел не внять совету военного министра об острой необходимости назначить главнокомандующего. Конфиденциально и в устной форме он сказал недоумевающему Барклаю, что именно ему предстоит отдавать все распоряжения. Отсутствие официального «первого лица» привело ко многим сложностям для Барклая. Но как военный министр от имени императора он имел право давать распоряжения 2-й Западной армии Багратиона.

По настоятельному совету доверенных лиц – А. А. Аракчеева, А. Д. Балашова и А. С. Шишкова – император собрался уехать из армии, уже стоявшей в Дриссе. Как он потом писал любимой сестре Екатерине Павловне, «я пожертвовал для пользы моим самолюбием, оставив армию, где полагали, что я приношу вред, снимая с генералов всякую ответственность, что я не внушаю войскам никакого доверия». По словам Александра, он хотел бы вернуться в армию, если бы не Кутузов: «Я отказался от этого намерения лишь после этого назначения, отчасти по воспоминанию, что произошло при Аустерлице из-за лживого характера Кутузова».