Основными театрами военных действий в 1799 г. стали Египет, Италия, Южная Германия и Швейцария. Зная о подготовке двух мощных турецких армий – Дамасской и Родосской – Бонапарт предпринял в начале 1799 г. поход в Сирию. Здесь французам удалось неожиданно легко разгромить Дамасскую армию, однако длительная осада Акры завершилась неудачей. Вернувшись в Египет, Бонапарт сумел нанести поражение в битве при Абукире второй турецкой армии (25 июля 1799 г.). Вслед за этим Бонапарт отправился во Францию, оставив свою 30-тысячную армию в Египте еще на два года. Благодаря новости о победе под Абукиром он был встречен как национальный герой. Бонапарт стал главным действующим лицом в государственном перевороте 18 брюмера (9 ноября 1799 г.), в результате которого во Франции был установлен режим консулата.

На итальянском театре военных действий французы испытывали еще большие трудности. В феврале эскадре Ушакова, усиленной турецкими кораблями, удалось захватить Ионические острова. Развивая успех, союзный флот взял под контроль побережье Южной Италии. 3 июня был захвачен Неаполь. Дальнейшее наступление английского десантного корпуса при поддержке русских подразделений увенчалось капитуляцией Рима. С середины марта военные действия начались и в Северной Италии. Здесь австрийская армия фельдмаршала Меласа достаточно пассивно противостояла французской армии под командованием генерала Шерера. На помощь Шереру из Центральной Италии двигалась армия Макдональда. Ситуация резко изменилась после прибытия двух русских корпусов под командованием Суворова. В битве при Адде (26–28 апреля) Суворову удалось разгромить сменившего Шерера генерала Моро и обеспечить беспрепятственное вступление в Милан. Не давая двум французским армиям соединиться, Суворов быстрыми маневрами вынудил их вступить в сражение по одиночке. 17–19 июня в битве на реке Треббии была разгромлена армия Макдональда, а 15 августа в сражении при Нови поражение потерпел и преемник Моро генерал Жубер. Под контролем французов оставалась лишь Генуя. Цизальпийская республика была ликвидирована, Ломбардия вернулась в состав Австрии, а в Турине восстановилась власть Карла-Эммануила IV.

В Южной Германии австрийскому эрцгерцогу Карлу удалось разбить французскую армию генерала Журдана в битве при Штоках (25 марта). Вслед за этим, при поддержке русского корпуса Римского-Корсакова, австрийцы атаковали армию Массены в Швейцарии. Боевые действия здесь шли с переменным успехом. Французам даже удалось выиграть сражение под Цюрихом (4 июня), но в дальнейшем они были вынуждены отступить. 27 августа англо-русский десантный корпус под общим командованием герцога Йоркского высадился в Голландии. На сторону союзников перешел флот Батавской республики. Стремясь развить стратегический успех, австрийская армия эрцгерцога Карла двинулась из Швейцарии к Майнцу. Для поддержки корпуса Римского-Корсакова в Швейцарию должен был передислоцироваться Суворов. Это план не учитывал численное преобладание французов. Невероятный по своему драматизму переход суворовской армии через Альпы не принес результата. Еще до соединения русских войск Массене удалось разгромить корпус Римского-Корсакова. Дальнейшие бои в Швейцарии шли с переменным успехом и не имели большого значения. Не получили развития события и на голландском театре военных действий. В сражении под Бергеном англо-русские войска потерпели поражение и были вынуждены эвакуироваться в Англию (18 октября).

Таким образом, к началу 1800 г. стратегическая обстановка выровнялась, хотя Франция практически утратила все завоевания в Италии. Бонапарт, вступив в должность первого консула, демонстративно обратился к ведущим державам коалиции с предложением о мирных переговорах. Георг III и Франц II ответили отказом. Совершенно иначе прореагировал русский император. Павел I был разъярен «предательством» и «коварством» австрийцев. Захват же англичанами Мальты окончательно разрушил веру императора в союзников. Русским войскам было приказано возвращаться из Европы домой. Одновременно начались дипломатические контакты между Парижем и Петербургом. Бонапарт и Талейран хитроумно играли на чувствах экзальтированного русского монарха. Павлу были переданы знаки магистра Мальтийского ордена. Русские пленные во Франции были не только освобождены, но и получили новое вооружение и обмундирование. В личных письмах первый консул патетично призывал Павла I использовать все силы для установления в Европе прочного мира. Возник даже грандиозный план совместного похода в Индию. Однако гибель Павла I 11 марта 1801 г. не позволила заключить многообещающий русско-французский союз.