В 1798 г. Директория продолжила политику формирования пояса «дочерних республик». Используя как повод восстание в папском государстве, армия Бертье в феврале вступила в Рим, и уже вскоре Пий VI был лишен светской власти. 20 марта была провозглашена Римская республика. Тот же сценарий повторился в Швейцарии, где восстание в одном из кантонов стало предлогом к вторжению французской армии и установлению Гельветической республики. При этом часть территории Швейцарии, в том числе Женева и Базель, была присоединена к Франции. В июне 1798 г. Франция «оказала помощь» республиканскому восстанию в Пьемонте. Король Карл-Эммануил IV был вынужден отречься от престола. Была образована Пьемонтская республика, которая уже в феврале 1799 г. вместе с герцогством Тоскана оказалась присоединена к Франции. Но главной задачей Директории оставалась борьба против Англии. Талейран разработал масштабный стратегический план, предусматривающий занятие Мальты и Египта, строительство канала через Суэцкий перешеек, привлечение на свою сторону Турции и Персии. Эти шаги должны были позволить Франции не только получить контроль над Восточным Средиземноморьем, но и реально угрожать английскому господству в Индии. Командование египетской экспедицией было поручено Бонапарту.

19 мая 1798 г. эскадра Бонапарта вышла из Тулона. Счастливо избежав встречи с английским флотом под командованием адмирала Г. Нельсона, французы захватили Мальту и 2 июля высадились в Египте. Бонапарт взял штурмом Александрию и предпринял рискованный поход через пустыню в направлении Нила. 10 июля начались стычки с мамлюкской кавалерией, а 21 июля близ Каира (битва у пирамид) Бонапарт разгромил основные силы мамлюков. Спустя три дня он торжественно въехал в столицу Египта. Однако триумф оказался преждевременным. 1 августа английский флот уничтожил французскую эскадру в бухте Абукир. Армия Бонапарта оказалась заперта в Египте.

Вдохновленный успехами адмирала Нельсона в Средиземном море неаполитанский король Фердинанд IV предпринял наступление против Римской республики. 27 ноября 1798 г. Рим был захвачен и разграблен. Однако французской армии генерала Шампионне удалось перейти в контрнаступление и рассеять противника. Путь к Неаполю был открыт. В самом королевстве началась революция. Фердинанд IV бежал на Сицилию под защиту английского флота. В Неаполь вступили французы. 23 января 1799 г. здесь была провозглашена Партенопейская республика. Эти события, а также египетская экспедиция Бонапарта дали толчек для формирования второй антифранцузской коалиции. Основу ее первоначально составил русско-турецкий союз. Турция объявила войну Франции еще в мае 1798 г. Действия Бонапарта в Египте лишь укрепили воинственность султана. В свою очередь, Павел I, являвшийся Великим магистром Мальтийского ордена, воспринял французский захват Мальты как личное оскорбление и вызов России. В июле 1798 г. в Средиземное море была направлена эскадра адмирала Ф. Ф. Ушакова. 3 января 1799 г. заключен русско-турецкий договор, по которому средиземноморские проливы были открыты для русского флота, а обе страны обязались оказывать взаимную поддержку в борьбе против Франции. К этому союзу присоединились Неаполитанское королевство и Англия. Австрия согласилась пропустить через свою территорию русские войска, направленные в Италию. Когда же Директория 12 марта 1799 г. объявила ей войну, Австрия заявила о своем непризнании решений Раштадского конгресса. Пруссия и имперские немецкие княжества в этой ситуации предпочли остаться нейтральными.