Первоначально яицкие казаки были вольными, но Москва их считала своими русскими людьми, и вот 9 июля 1591 г. царь Федор Иоаннович приказал собрать 500 лучших казаков и идти им в Астрахань, где они должны были соединиться с тысячью волжских казаков и побить «непослушника царского» какого-то туземного князька «шамхала Тарковского». Понятно, что указ исходил от конюшенного боярина Годунова, а слабоумный Федя лишь подписал его.

В Смутное время яицкое казачество было предоставлено самому себе. В 1605 г. татарская орда разорила Яицкий городок, но казаки быстро отстроили его вновь.

Весной 1614 г. атаман Заруцкий бежал из Астрахани вместе с Мариной Мнишек и ее сыном царевичем Иваном, не дожидаясь подхода царских войск. Поначалу он хотел прорваться по Ахтубе мимо Царицына вверх по Волге, но потом ушел вниз и объявился на Яике в Медвежьем городке, где стал пленником местного казачьего атамана Уса.

Князь Одоевский в Астрахани узнал о появлении Заруцкого на Яике и 6 июня 1614 г. отправил туда на стругах стрелецких голов Пальчикова и Онучина с отрядом стрельцов. Стрелецкий отряд 24 июня осадил Медвежий городок. Атаман Ус с товарищами осознали безнадежность сопротивления, и на следующий день городок сдался. Казаки били челом, целовали крест государю Михаилу Федоровичу и выдали Заруцкого с Мариной, Иваном и чернецом Николаем. В тот же день всю компанию под конвоем отправили в Астрахань.

В память о пребывании Заруцкого и Мнишек на Яике осталось название четырехбугрового острова на реке – Маринкин Яр, оно сохранялось еще в советское время.

Михаил Романов оценил услугу казаков, и в 1615 г. Яицкому войску была пожалована царская грамота на владение рекой Яик.

В 1622 г. казаки перенесли свою столицу с острова Кош-Яик (Голубое городище) ниже по течению на 50 верст, к устью реки Чаган. Новый город получил название Яик (Яицкий городок). Казаки жили военной добычей, получали жалованье из Москвы, владели большими рыбными промыслами и занимались скотоводством. После 1622 г. часть яицких казаков основала Илецкий и Сакмарский городки, где казаки занялись земледелием и продажей лесоматериалов.

В 1640 г. купец Гурий Назаров построил острог в устье реки Яик, получивший название Гурьев городок.[43] Позже он стал называться Гурьевом.

Следует заметить, что Гурий действовал на свой страх и риск, подобно тем же Строгановым в XV–XVI веках. Он собрал «частную армию» из волжских казаков и беглых крестьян. На Волге им был построен деревянный острог, который затем был разобран и водой перевезен в устье Яика. Мало того, Гурий Назаров перегородил основное русло реки большим учугом, то есть заграждением из бревен и веток, мешавшим белугам, севрюгам, осетрам и шипам идти вверх по Яику на нерест. Рыба была вынуждена идти в малые рукава дельты Яика, где отлавливалась людьми Гурия.

Казаки же яицкие прос…, пардон, проспали постройку городка. Добыча казаками рыбы сократилась. Это привело к ряду нападений казаков на Гурьев городок и периодическим уничтожениям учуга. В свою очередь Гурий пожаловался в Москву и, видимо, раздал большие взятки. Деньги сделали свое дело, и Гурию было пожаловано устье Яика в бессрочное владение. Купец же за это обязался построить в Гурьеве городке каменную крепость.

В 1667 г. яицкие казаки под началом Васьки Касимова разгромили Гурьев и ушли «добывать зипуны» на Каспий. На южном берегу Каспия они были разбиты персидским войском. После этого большая часть пленных казаков приняла ислам и была поселена шахом в городе Шемахе.