В скором времени он отослал и другого ученика, Феодота, в монастырь, как бы с поручением осмотреть его и посетить братию. Сам же остался с одним только учеником по имени Антоний и отправился с ним на Кипр. Там, придя в монастырь, называвшийся «Обитель священных», он упросил игумена, чтобы тот позволил жить ему в пустыне, прилегавшей к обители. Получив позволение, он в безмолвии жил для Бога, питаясь, как и раньше, от трудов рук своих – переписывая книги.

Между тем брат с письмом преподобного, посланный в Царьград, доставил послание в руки царя. Тот сначала обрадовался вести об Афанасии. Когда же, сорвав печать, раскрыл и прочел письмо, сильно опечалился воспоминанием о той неправде, в которой он виноват был пред Богом, и тем, что преподобный Афанасий оставил обитель и ушел неведомо куда. Тогда и брат, узнав о том, что было написано в письме, стал плакать и рыдать, что лишился отца своего. Царь написал в обитель, чтобы Евфимий до времени принял начальствование, и разослал во все области своей страны приказ искать преподобного Афанасия. Розыски коснулись и острова Кипра, и Афанасия чуть было не нашли, но преподобный, узнав об этом, взял с собой ученика и пошел на морской берег. По Божьей воле найдя корабль, готовый к отплытию, он вошел на него и при благоприятном ветре вскоре переправился на другой берег. Преподобный недоумевал, в какую сторону ему идти, и задумал отправиться на поклонение святым местам Иерусалима, но туда путь был неудобен из-за арабского нашествия. Греции же он избегал, чтобы его не нашли посланники царя, и не мог решить, как ему поступить.

Когда настала ночь, преподобный стал на молитву, прося у Бога совета и наставления. И было ему тогда божественное откровение и повеление вернуться на Афон к своей обители, которая его трудами будет возведена на степень полного совершенства и процветания и расширится, так что многие через него получат спасение. Преподобный, приняв такое извещение от Бога, сказал о том Антонию, и они продолжали свой путь пешком, возвращаясь назад.

После многих дней пути у Антония заболели и отекли ноги, стали гореть так, что ему не было никакой возможности дальше идти. Преподобный собрал немного травы, росшей вокруг, растер ее в горсти, приложил к ногам ученика своего и, обложив травяными листьями, обвязал своим платком. Потом, взяв больного за руку, поднял его, и Антоний, разом почувствовав облегчение, произнес: «Слава Тебе, Христе Боже, что Ты облегчил меня от болезни». И продолжал он дальше путь здоровыми, как прежде, ногами.

Брат Феодот, которому преподобный Афанасий дал поручение посетить от себя обитель, придя туда, застал всех в сильном смущении от ухода Афанасия. Поскорбев об этом, он, чувствуя себя плохо в разлуке со своим отцом, отправился обратно на Кипр и искал его повсюду. Наконец, по Божию усмотрению, встретил его на дороге, и, увидев друг друга, они сильно обрадовались. Узнав о смущении в обители вследствие его ухода, преподобный радовался тому, что скоро утолит их скорбь. Он послал Феодота вперед с вестью о своем возвращении, а сам для усиленной молитвы ушел в монастырь, мимо которого они шли. Здесь он исцелил впавшего в безумие инока и, преподав всем наставления, продолжал путь к Афону и скоро достиг своей обители. Когда братия увидела его, ей показалось, что всходит вновь солнце. Они в радости громко воскликнули: «Слава Тебе, Боже!»– и все, подходя к нему, целовали его.

Так снова преподобный стал мирно править обителью…

По прошествии некоторого времени преподобному понадобилось идти к царю по монастырским делам. Когда он прибыл в Царьград, царь, узнав о его приходе, и радовался, и стыдился. Радовался, так как желал его видеть, стыдился же, потому что старец увидит его в царском сане. И потому Никифор встретил Афанасия не как царь, но как обыкновенный человек. Взяв его за руки, он поцеловал его и ввел в свои внутренние палаты. Там с сладостными слезами они беседовали наедине.