В 1549 году была учреждена «Избранная рада», или «Ближняя дума» из приближенных к царю людей. В «Избранную раду» вошли священник Сильвестр и друг детства царя Адашев, которые имели огромное влияние на молодого царя и фактически управляли государством. Правительство расширило органы центрального управления государством, изменило порядок управления городами и волостями, приняло новый Судебник 1550 г.

В пятидесятые годы была реорганизована армия, образована дворянская конница и стрелецкие полки, а также создана личная охрана царя – опричное войско, которое состояло из 1000 человек. В 1565 г. Иван IV вводит особый порядок управления – опричнину. Опричнина представляет собой систему мероприятий, проводившихся Иваном Грозным в 1565–1584 гг. с целью ликвидировать княжеско-боярское сопротивление политике укрепления централизованного русского государства. Центральное управление, дворцовые ведомства, приказы были разделены на две части – на опричный и земский дворы. Вся территория страны делилась на «опричнину» и «земщину». Опричнина управлялась непосредственно опричным двором, а земщина оставалась в ведении земских органов управления во главе с Боярской думой. Бояре и дворяне, не попавшие в опричнину, переселялись в земщину, получали новые земли, а их земли передавались опричным служилым людям. Опальные бояре и дворяне лишались даже своих родовых вотчин. Опричнина была отменена в 1572 г., после нападения хана Давлет-Гирея и пожара в Москве.

Центральные органы управления – приказы делились на отраслевые и территориальные, дворцово-вотчинного управления и специального назначения. Приказами общегосударственного значения являлись: Посольский, ведавший иностранными делами; Разрядный, ведавший вопросами государственного управления и учета служилых людей, назначения жалования за службу, регистрацией указов и грамот. Поместный приказ ведал делами поместных и вотчинных земель. Сюда относилась и группа военных приказов: Стрелецкий, Казачий, Иноземный, Оружейный, Бронный и Пушкарский. Денежный занимался вопросами финансирования, Ямской контролировал пути сообщения и связь. Существовала также группа дворцово-финансовых приказов: приказ большого дворца и приказ большой казны, который контролировал деятельность Денежного двора и сбор прямых налогов, приказ большого прихода осуществлял сбор косвенных налогов. К этой группе относились Ловчий, Сокольничий и Конюший приказы. Существовали еще Печатный, Аптекарский и Монастырский приказы. Разбойный приказ возглавлял полицейско-сыскные органы, рассматривал жалобы на приговоры губных органов, разбирал дела об убийстве, разбое и краже. Приказ Холопьего суда рассматривал дела о холопах, кабальных людях и крепостных крестьянах.

Приказы были не только административными, но и судебными органами. Во главе приказов находилось несколько судей – бояр и дьяков. Московский, Владимирский, Дмитровский, Смоленский, Сибирский, Малороссийский и Казанский территориальные приказы занимались судебными делами служилых людей соответствующих территорий. Земский приказ осуществлял суд и управление тягловым населением Москвы. По своему составу приказы были дворянскими. Руководители приказов и их помощники назывались приказными судьями. Они назначались царем и подчинялись непосредственно царю, но, будучи членами Боярской думы, отчитывались о своей деятельности и перед ней. Приказная система была слишком громоздкой с нечеткой компетенцией, а сосредоточение в ней административной и судебной власти порождало бюрократизм, взяточничество и волокиту.