Религиозные преступления в Судебник не были включены. За тяжкие религиозные преступления виновных наказывала церковь. Еретиков сжигали, но лишь тогда, когда в их действиях видели социальную опасность. На Руси не было инквизиции. Русскому праву не был свойствен террор ради террора.

Появились специальные статьи о вотчинах. По отношению к крестьянам была повторена статья Судебника 1497 года о Юрьевом дне с распространением ее действия на вновь присоединенные земли.

Тяжесть наказания за преступления зависела от сословной принадлежности правонарушителя. Целью наказания стало устрашение и изоляция преступника. Высшей мерой наказания была смертная казнь, которая применялась прежде всего к тем, кто с оружием в руках выступал против феодалов. Применялись телесные наказания, наиболее распространенным было битье кнутом на торговой площади. Наказания применялись за должностные преступления: фальсификация протоколов суда, подделка документов, корыстные злоупотребления и др. Взыскивались денежные штрафы; их размеры зависели от тяжести поступка и социального статуса потерпевшего. В середине XVI века стали практиковаться так называемые правежи – битье палками по икрам ног с целью принудить к уплате долга.

Судебник 1550 года упоминает и тюремное заключение для служащих, «лихих» людей и лжесвидетелей. Тюремное заключение стало самостоятельным видом наказания, при этом осознавалось его влияние на преступников. Серьезной разработки требовал вопрос о сроках заключения.

Штрафы в Судебнике рассматривались как дополнительный вид наказания вместе с телесными наказаниями и тюремным заключением. Как самостоятельное наказание штраф назначался за оскорбление и бесчестие. Штрафная система была сословной; более высокие штрафы предусматривались за бесчестие высокопоставленных лиц (за «гостя» – 50 рублей, купца – 5 рублей, крестьянина – 1 рубль). За бесчестие женщин выплачивалась двойная сумма штрафа.

В Судебнике 1550 года появились статьи о судебном процессе и о розыске «лихих» людей. В судебном процессе различались две формы: состязательная и розыскная. Состязательная форма применялась при рассмотрении гражданских и нетяжких уголовных дел. Розыскной процесс применялся при рассмотрении государственных преступлений, убийствах, разбое. Была введена своеобразная форма судебного процесса, которая называлась «облихование». Заключалась она в следующем: 15–20 «лучших людей» обвиняли подозреваемого в том, что он «лихой человек», т. е. опасный. После этих показаний его пытали. При проведении процедуры облихования применялся повальный обыск и массированный допрос. По приговору суда облихованный, но не признавший своей вины человек подвергался тюремному заключению на неопределенный срок.

Судебник 1550 года законодательно закрепил сложившиеся формы судебного процесса: состязательную и инквизиционную. В состязательном суде присутствовали обе стороны и свидетели. Поединок в Судебнике отсутствует. Инквизиционный суд предусматривался при рассмотрении уголовных дел. В качестве доказательства вины применялись устные показания и письменные документы, а также факты, добытые в результате повального обыска.

Допускалась апелляция в высшую судебную инстанцию, в Боярскую думу. Суд великого князя отменялся.

Рассмотренные Боярской думой приговоры, поступавшие из приказов, обобщались в докладной записке, которая становилась нормативным актом, получившим название «Новоуказная статья». Судопроизводство было письменным. Победившей стороне выдавалась бессудная грамота.