Центральные органы управления – приказы делились на отраслевые и территориальные, дворцово-вотчинного управления и специального назначения. Приказами общегосударственного значения являлись: Посольский, ведавший иностранными делами, и Разрядный, ведавший вопросами государственного управления, учета служилых людей, назначения жалования за службу и регистрации указов и грамот. Поместный приказ ведал делами поместных и вотчинных земель. Сюда относилась и группа военных приказов: Стрелецкий, Казачий, Иноземный, Оружейный, Бронный и Пушкарский. Денежный приказ занимался вопросами финансирования, Ямской контролировал пути сообщения и связь. Существовала также группа дворцово-финансовых приказов: приказ большого дворца и приказ большой казны, который контролировал деятельность Денежного двора и сбор прямых налогов, приказ большого прихода, осуществлявший сбор косвенных налогов. К этой группе относились Ловчий, Сокольничий и Конюший приказы. Существовали еще Печатный, Аптекарский и Монастырский приказы. Разбойный приказ возглавлял полицейско-сыскные органы, рассматривал жалобы на приговоры губных органов, разбирал дела об убийстве, разбое и краже. Приказ Холопьего суда рассматривал дела о холопах, кабальных людях и крепостных крестьянах.

Приказы были не только административными, но и судебными органами. Во главе приказов находилось несколько судей – бояр и дьяков. Владимирский, Дмитровский, Казанский, Малороссийский, Московский, Сибирский и Смоленский территориальные приказы занимались судебными делами служилых людей соответствующих территорий. Земский приказ осуществлял суд и управление тягловым населением Москвы. По своему составу приказы были дворянскими. Руководители приказов и их помощники назывались приказными судьями. Они назначались царем и подчинялись непосредственно царю, но, будучи членами Боярской думы, отчитывались о своей деятельности и перед ней. Приказная система была слишком громоздкой, отличалась нечеткой компетенцией, а сосредоточение в ней административной и судебной власти порождало бюрократизм, взяточничество и волокиту.

В 1556 году система кормления была упразднена. Повсеместно были образованы губные и земские органы самоуправления. Органы губного самоуправления создавались из числа местного дворянства и купечества. Главными их задачами были борьба с разбоем и сыск разбойников, «лихих людей», а также беглых крестьян и холопов. Губное самоуправление имело административный орган – губную избу. Аппарат губной избы состоял из губного старосты, целовальников, дьяка или подьячего. Губного старосту выбирали дворяне, а Разбойный приказ утверждал его в должности.

В уездах с развитыми ремесленно-торговыми центрами учреждалось земское самоуправление, возглавляемое земскими старостами и дьяками, которых избирали из числа черносошных, зажиточных крестьян и верхушки посада. Земские органы ведали финансово-налоговыми вопросами.

Губные и земские органы управления подчинялись разным отраслевым приказам, что свидетельствовало о процессе централизации и местного управления в Русском государстве, построенном на сословном представительстве.

В начале XVII века была введена воеводско-приказная система, выполнявшая контролирующие функции за деятельностью губных и земских старост. Воеводы назначались царем или Боярской думой и ведали административными, военно-полицейскими и судебными вопросами. Воеводы получали жалование, а не собирали в свою пользу доходы с подвластной им территории. В больших городах было несколько воевод, один из которых считался главным. В компетенцию воевод входил широкий круг военных, административно-полицейских и судебных обязанностей. При воеводе была канцелярия – съезжая изба, которой управлял дьяк со штатом подьячих. В подчинении у воеводы состоял ряд должностных лиц: осадный голова, ведавший городской крепостью, засечные, острожные, стрелецкие, пушкарские, казачьи, объезжие, ямские головы.