В непростых социально-экономических условиях, которые сложились в 1990-е годы в России, КГТУ не только выжил, но и продолжал развиваться благодаря гибкой политике руководства вуза.

В этот период при личном участии С. А. Подлесного:

• развита структура КГТУ и расширены его связи с научными организациями, вузами и промышленными предприятиями, в том числе созданы в дополнение к ранее существовавшему филиалу в г. Абакане еще три филиала КГТУ в разных городах: Железногорске, Зеленогорске и Усть-Илимске; открыты четыре представительства университета в городах Дудинке, Туре, Канске;

• приказом Министерства образования Российской Федерации при поддержке РАО «ЕЭС России», Правительства Республики Хакасия, руководства Красноярского государственного технического университета на базе ОАО «Саяно-Шушенская ГЭС имени П.С. Непорожнего» создан уникальный в своем роде Саяно-Шушенский филиал КГТУ (ныне филиал Сибирского федерального университета), расположенный в поселке Черёмушки;

• совместно с Институтом физики СО РАН, Красноярским государственным университетом, Сибирской аэрокосмической академией создан Красноярский научно-образовательный центр высоких технологий; совместно с Красноярским государственным университетом, Красноярским государственным аграрным университетом, Красноярской государственной академией цветных металлов и золота создан Консорциум красноярских образовательных учреждений для реализации федеральной программы по подготовке управленческих кадров с последующей зарубежной стажировкой слушателей;

• создан интегрированный учебно-научно-производственный комплекс Красноярского края в составе КГТУ, КГУ, Института физики СО РАН, Института вычислительного моделирования СО РАН, ФГУП НПО ПМ им. акад. М. Ф. Решетнева, ФГУП «НПП «Радиосвязь»», ФГУП «Красмашзавод», ОАО «СибНИИТМ», ГГ КрДЗ ГОСНИТИ, УНИК КГТУ, ООО «МГД-Мехатерм» и сформированы кластеры радиоэлектроники и космических технологий, информационно-коммуникационных технологий и машиностроительный;

• заключено свыше 100 соглашений о сотрудничестве с промышленными предприятиями и организациями;

• получила дальнейшее развитие социальная инфраструктура вуза (открыт студенческий профилакторий, создана база отдыха на озере Тус);

• сформированы элементы инновационной инфраструктуры университета (технопарк, сертификационные лаборатории и центры, Институт управления и бизнес-технологий КГТУ, включающий в свой состав центры управленческого консультирования и маркетинговых исследований, кадровое и рекламное агентства);

• создан Сибирский региональный учебно-методический центр высшего образования, объединяющий 96 ведущих вузов Сибири;

• обеспечено тесное сотрудничество с Ассоциацией выпускников Красноярского государственного технического университета (Политехнического института);

• создан Центр трудоустройства выпускников КГТУ.

В 2004 г. под руководством ректора С. А. Подлесного КГТУ стал лауреатом конкурса «Европейское качество» в номинации «Сто лучших вузов России» и был награжден золотой медалью.

В 2006 г. Красноярский государственный технический университет вошел в состав Сибирского федерального университета (СФУ). Сергей Антонович был назначен проректором по учебной работе СФУ, а через год – проректором по магистратуре и территориальной образовательной сети.

В апреле 2008 г. с целью повышения качества подготовки студентов и аспирантов, развития научных исследований в области информатики, информационных технологий и управления, участия в реализации образовательных научно-технических программ Сибирским федеральным университетом совместно с Институтом проблем информатики РАН, Институтом проблем управления РАН и Институтом вычислительного моделирования СО РАН был создан научно-образовательный центр «Информатика, информационные технологии и управление». Возглавил его С. А. Подлесный. С 2011 г. он работал советником ректора Сибирского федерального университета.