Трудовую биографию С. А. Подлесный начинал с должности инженера кафедры вычислительной техники Красноярского политехнического института, совмещая с 1964 г. учебу и работу.

Основные этапы дальнейшей трудовой, научно-педагогической и административной деятельности в КПИ-КГТУ:

• ассистент, аспирант, младший научный сотрудник (1966–1969 гг.);

• старший преподаватель, доцент (1969–1975 гг.);

• заведующий кафедрой «Радиотехника» (1975–1983 гг.);

• декан радиотехнического факультета (1984–1985 гг.);

• проректор по учебной работе (1985–1990 гг.);

• первый проректор (1990–1995 гг.).

С 22 января 1996 г. по приказу Госкомвуза России Сергей Антонович, внесший значительный вклад в преобразование Политехнического института в Красноярский государственный технический университет, в его развитие как центра науки, образования и культуры, исполнял обязанности ректора университета.

В апреле 1996 г. С. А. Подлесный был избран ректором Красноярского государственного технического университета по решению конференции научно-педагогических работников, а также представителей других категорий работников и обучающихся в КГТУ.

С. А. Подлесный – действительный член нескольких общественных Академий: Академии проблем качества (1995 г.), Академии информатизации образования (1996 г.), Международной академии наук высшей школы (1997 г.), Международной академии информатизации (1999 г.), Академии экономической безопасности (2005 г.).

Сложно в полном объеме перечислить обширный перечень работ, в которых он принимал непосредственное участие как руководитель, участник, идеолог, методолог, консультант, эксперт.

Во многих научно-исследовательских работах, часть из которых ранее выполнялась по постановлениям Совмина СССР, Сергей Антонович являлся научным руководителем или ответственным исполнителем. В его научном багаже – разработки, связанные с высокоточными и помехоустойчивыми фазовыми радиотехническими системами для решения задач радиоуправления, навигации, геодезии, системами радиосвязи, медицинским приборостроением, микропроцессорными системами контроля параметров автономных объектов.

По итогам педагогической и научной деятельности опубликовано 324 работы. Он был одним из научных редакторов книги «Безопасность России. Правовые, социально-экономические и научно-технические аспекты. Региональные проблемы безопасности. Красноярский край» (2001 г.). Важные направления деятельности С. А. Подлесного: внедрение новых информационных технологий в учебный процесс, НИР и систему управления вузом; интеграция в мировое научно-образовательное пространство; гуманитаризация инженерного образования; улучшение здоровья студентов.

Для укрепления и сохранения индивидуального здоровья, привития здорового образа жизни, творческой активности студентов на базе кафедры валеологии КГТУ был организован межвузовский валеологический центр.

Университет, возглавляемый Сергеем Антоновичем, совместно с университетами Австрии, Великобритании, Германии и Франции реализовывал масштабные научные проекты. С. А. Подлесный активно взаимодействовал с коллегами из Швеции, Чехии, Китая, Монголии, США, был одним из руководителей международной программы совместно с Фондом им. К. Аденауэра (ФРГ), в рамках которой был создан научно-образовательный центр «Сибирь – Европа».

Совместно с Красноярским государственным институтом искусств в 2001 г. была организована Ассоциация «Интеллект и культура», в которую вошли 14 красноярских вузов. Благодаря поддержке С. А. Подлесного в марте 1999 г. появился первый номер литературного альманаха – приложения к газете «Политехник», в котором на 12 страницах впервые увидели свет произведения молодых литераторов – самодеятельных поэтов и писателей университета. Новое творческое сообщество – литературный клуб «Высокий берег» – получило возможность регулярно печататься. Публикация стала самой мощной поддержкой творческой активности студентов и преподавателей.