В этот период цигун был широко распространен. Тогда появились три классических медицинских текста: «Чжу бин юань хоу лунь» («Общий трактат о причинах и признака болезней», «Основы лечения, выяснения причин и симптомов заболеваний»), «Бэй цзи цянь цзинь яо фан» («Тысяча предписаний для больных») и «Бай тай ми яо» («Медицинские секреты чиновника»), в которых находятся записи о древнем цигун. Например, во второй книге есть два полных набора упражнений цигун: восемнадцать движений «индийской и брахманской школ» и сорок девять движений «массажа Лао-цзы». Большое число техник цигун детально описаны в «Бай тай ми яо». «Чжи гуань фа» («остановка отвлекающих мыслей») – еще одна работа, дошедшая до нас. В ней идет речь о методах избавления от отвлекающих мыслей.

В этот период происходил подъем интереса к даосским техникам «нэй дань» (внутренняя алхимия). Эти техники также включали упражнения цигун. Традиционная китайская медицина в это время процветала. Во времена династии Северная Сун были составлены тексты «Шэн цзи цзун лу» («Общий сборник по священной помощи»). Это объемная книга по медицинской теории и практике. Цзоу Дунюй (1017-1073), философ династии Северная Сун и Цзу Си (1130-1200), философ династии Южная Сун, создали цигун, основанный на неоконфуцианстве. Это философское учение отстаивало «теорию покоя» и «Тай цзи ту шуо» («Учение о символе Великого Предела»). Ключевая идея этой работы: «Беспредельное достигает Великого Предела, Великий Предел порождает ян, предельное движение переходит в неподвижность, неподвижность порождает инь, а предельная неподвижность порождает движение. Движение и неподвижность – взаимозависимы».

В этот период активно развивались различные направления практического цигун. Люди начали уделять больше внимания реальному эффекту от цигун. Например, Су Ши (1037-1101), знаменитый поэт династии Северная Сун, с энтузиазмом пропагандировал цигун как систему упражнений, имеющую практическое значение. Даже сегодня его идеи продолжают влиять на занимающихся цигун.

В этот период цигун широко использовался врачами для лечения заболеваний. В начале династии Мин обсуждение вопросов цигун можно найти в двух медицинских трактатах: в книге «И цзин су хуэй цзи» («Возвращение к классической медицине»), написанной Ван Лу, и в книге «Вань Мичжай и шу ши чжун» («Десять медицинских книг Вань Мичжая»), написанной Вань Цзинем. В работах «Ци цзин бай май као» («Исследование восьми чудесных меридианов») и «Чжэнь цзю да чэн» (“Путеводитель по иглоукалыванию и прижиганию”) была подчеркнута важность меридианов Жэнь и Ду.

Ли Шичжэнь (1518-1593), великий врач и мастер цигун династии Мин, при лечении обычно применял цигун. В «Гу цзинь ту шу цзи чэн» (Собрание древних и современных книг), многотомном собрании медицинских работ, написанных Чэнь Мэнлэем и др. авторами династии Цин, особо упоминалась система даоинь. В книге «Чжан ши и тун («Врачебный опыт Чжан»), составленной выдающимся врачом династии Цин – Чжан Лу, впервые в китайской истории обсуждались отклонения, появляющиеся от занятий цигун.

В этот период Китай пострадал в результате агрессии капиталистических стран. Беспорядки, вызванные борьбой между диктаторами, нанесли ущерб всей традиционной китайской медицине. Также остановилось и развитие цигун.

С момента основания Китайской Народной Республики большое число мастеров отказались от традиционного метода передачи стилей цигун посредством отношений преподаватель—ученик или отец—сын и начали возрождать, систематизировать старые, а также создавать множество новых оздоровительных стилей цигун. Эти стили были простыми для изучения и доступными широким массам. Таким образом нарушалась традиционная закрытость систем, являвшаяся серьезной преградой для практики. Лю Гуйчжэнь в 1953 составил книгу «Цигун ляо фа ши цзянь» («Применение цигун в медицинской практике»), и с тех пор термин «оздоровительный цигун» стал широко распространен. Это дало надежду современному цигун на дальнейшее развитие.