Последний материал Ларисы Юдиной «Врач народа. Заказное лечение в психушке от президента Калмыкии», в котором рассказывалось о попытке усмирить лидера оппозиционного властям республики общественного движения «От сердца к сердцу» Лидию Дорджиеву с помощью врачей-психиатров, был опубликован в «Новой газете» 16 июня 1998 года.
За несколько дней до этого, 5 июня, Ларисе Юдиной позвонил неизвестный и попросил о встрече, чтобы передать документы для проводившегося ею журналистского расследования. 6 июня вечером журналистка и ее супруг пришли на место, где им была назначена встреча. К ним подошел невысокий мужчина и сообщил, что передача документов состоится завтра на том же месте. 7 июня Лариса Юдина пошла на встречу одна, без документов и денег, рассчитывая быстро вернуться, так как встреча должна была состояться недалеко от дома, и не вернулась. 8 июня тело Ларисы Юдиной со следами насильственной смерти было найдено в центре Элисты.
Уже 9 июня начальник Управления информации и общественных связей МВД России А. Михайлов сообщил в Фонд защиты гласности, что «для организации работы по раскрытию преступления создан оперативный штаб» и уже задержаны двое подозреваемых – бывшие сотрудники аппарата президента Калмыкии Сергей Васькин и Тюрбя Босхомджиев. После ряда обращений общественных организаций и политических партий в адрес руководства России с требованием принять все необходимые меры для розыска и наказания виновных Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов распорядился изъять дело об умышленном убийстве журналистки из производства следственных органов Калмыкии и взял ход следствия под свой контроль. Оперативное сопровождение расследования этого уголовного дела было поручено сотрудникам ФСБ. 17 июня задержан был еще один подозреваемый, Владимир Шануков, а 29 июня четвертый – Сергей Липин.[109] Однако 2 июля 1998 года на состоявшейся в Москве пресс-конференции Генеральный прокурор РФ Юрий Скуратов сообщил о том, что в ходе следствия по делу об убийстве Ларисы Юдиной получены «интересные оперативные данные». Он уточнил, что речь идет о «странной роли» местных правоохранительных органов, которые, по словам Юрия Скуратова, выпустили на свободу двух обвиняемых по этому делу, хотя те должны были находиться под стражей как осужденные по другим делам. Генеральный прокурор сказал, что подозреваемые были освобождены по протекции администрации президента Республики Калмыкия и по распоряжению управления исполнения наказаний.
29 ноября 1999 года коллегия по уголовным делам Верховного суда Калмыкии вынесла приговор убийцам журналистки. Обвиняемые Владимир Шануков и Сергей Васькин приговорены каждый к 21 году лишения свободы с отбыванием наказания в колонии особого режима. Андрей Липин, обвиняемый в укрывательстве происшедшего, приговорен к 6 годам лишения свободы в колонии строгого режима. Четвертый обвиняемый, Тюрбя Босхомджиев, освобожден от уголовной ответственности за «чистосердечное раскаяние и помощь следствию». Заказчик преступления установлен не был.[110]
В 2000 году президент России Владимир Путин наградил Ларису Юдину посмертно орденом Мужества «за мужество и самоотверженность, проявленные при исполнении профессионального долга». Имя Ларисы Юдиной высечено на вашингтонском мемориале павшим журналистам, установленнoм в фонде «Фридом форум».
Именем Ларисы Юдиной был назван учрежденный «Яблоком», «Новой газетой» и Фондом защиты гласности ежегодный конкурс региональных журналистов «Вопреки», в котором участвуют как опубликованные, так и не допущенные в печать материалы, причем авторы необязательно должны быть профессиональными журналистами. С 2002 года конкурс стал международным: к участию были допущены представители Армении, Белоруссии, Грузии, Молдовы, Украины.