Естественно, церковь, патриарх Тихон, священники, представители религиозной части многомиллионного крестьянства, мещанства и рабочего люда возражали против насильственного захвата церковного имущества, но заместитель председателя ГПУ Уншлихт докладывал, что арест синода и патриарха и выборы нового синода и патриарха сейчас вполне возможны, то есть была утверждена директива Л. Троцкого, изложенная в записке и принятая на заседании Политбюро 22 марта 1922 года. Л. Троцкий написал для интервью М. И. Калинина шесть разделов, которые должны появиться в печати, и отыскал епископа Антонина Грановского, согласного действовать по его указке и внёсшего свою лепту в этот раскол.

Всех «коноводов», возглавлявших сопротивление изъятию, приказано было расстрелять.

26 апреля в Московском трибунале под председательством М. Бека началось судебное расследование действий священников и мирян, оказывавших сопротивление изъятию церковных ценностей. Заседание проходило в Политехническом музее, но ночью на секретные заседания собирался президиум ГПУ в составе Уншлихта, Менжинского, Ягоды, Самсонова, Красикова и принимал свои решения, связанные с процессом в Политехническом музее.

4 мая 1922 года Политбюро рассмотрело вопрос «о московском процессе в связи с изъятием ценностей (тт. Троцкий, Каменев, Бек) и приняло строго секретное решение:

а) Дать директиву Московскому трибуналу 1) немедленно привлечь Тихона к суду, 2) применить к попам высшую меру наказания.

б) Ввиду недостаточного освещения в печати московского процесса поручить т. Троцкому от имени Политбюро сегодня же инструктировать редакторов всех московских газет о необходимости уделять несравненно большее внимание этому процессу и, в особенности, выяснить роль верхов церковной иерархии».

В тот же день Л. Троцкий направил письма в редакции «Известий», «Правды», «Рабочей Москвы», ЦК РКП, Зеленскому, предлагая читателям сообщить, что «в советской республике существует централизованная антинародная контрреволюционная организация, которая прикрывается религией, а на деле является политическим сообществом…».

В это время с Запада поступил яростный протест против большевистских преследований служителей церковного культа, прежде всего против расстрела католического викарного епископа Будкевича, осуждённого 23 марта 1923 года, за выступления против гонений на патриарха и синод. Дзержинский, учитывая реакцию зарубежных политиков, предложил в Политбюро отложить процесс над Тихоном на неопределённое время, и Политбюро согласилось с ним.

А между тем Московский трибунал вынес решение – расстрелять 11 священников, протестовавших против изъятия церковных ценностей. Л. Троцкий предложил «лояльным» священникам, то есть созданной «Живой церкви», похлопотать о пересмотре дела, и оно было пересмотрено: пятерых расстрелять, а шестерых помиловать. В документах сохранилась подпись Троцкого, утвердившего это решение.

Но и на этом дело с Русской православной церковью не закончилось: в ночь с 12 на 13 августа 1922 года были расстреляны митрополит Петербургский и Гдовский Вениамин (Казанский), архимандрит Сергий (Сергей Павлович Шеин), профессор Петроградского университета Юрий Петрович Новицкий и председатель правления православных приходов Иван Михайлович Ковшаров, которые действовали «путём возбуждения населения к массовым волнениям в явный ущерб диктатуре пролетариата» (Новый мир. 1994. № 8. С. 210).

Весь этот поход против Русской православной церкви подробно освещался в газетах и журналах и хорошо был известен литературной, художественной, научной общественности, пытавшейся протестовать против этого бесчеловечия. Бесполезно.