Со слезами скорби и вместе радости игумен и братия встретили весть о кончине преподобного. Тяжело им было расставаться со своим наставником, но радостно было знать, что они имеют теперь своего ходатая пред Богом, радостно было видеть блаженное упокоение, которого сподобил Господь преподобного за его святое житие. Игумен и братия торжественно погребли тело преподобного Иосифа на указанном им месте, в часовне: могилу покрыли пеленой и оградили решеткой. Быстро распространилась слава о подвижнической жизни преподобного Иосифа, и множество народа стекалось к его могиле. Над гробом святого пелись панихиды, происходили исцеления больных.

Так продолжалось более 50 лет по смерти преподобного Иосифа. Но вот, в правление Вологодского епископа Симона (1664–1684), по наветам приближенных к нему и, по-видимому, по его распоряжению, часовня преподобного была разобрана, могила его лишена украшений и благолепия, и долгое время место погребения святого было в запустении. Многие из почитателей преподобного Иосифа скорбели о том. Нашелся один инок, который из уважения к его памяти собрал и восстановил часовню, но, опасаясь клевет и укоризн, оставил ее без крыши и дверей и даже не посмел украсить гроб преподобного. Вскоре совершилось явное чудо. В монастыре произошел пожар: сгорели храмы с утварью, а никем не оберегаемая часовня сохранилась целой и невредимой и не обуглилась, хотя пламя огненное, как вода, затопляло ее. После пожара в часовне нашли чудотворный образ Божией Матери, перед тем стоявший в одной из монастырских церквей, теперь сгоревших. Но и это чудо не послужило началом чествования святого. Первоначально оно оставалось даже не записанным.

Неуважение к святому месту было так велико, что когда стали возить лес для постройки новой церкви, то будто бы ввиду тесноты разломали чудесно сохранившуюся от огня часовню, бревна, ее сложили в груду, и снова могила преподобного много лет была в небрежении, мочимая дождем и снегом. Затем усердием казначея Пахомия часовня была восстановлена в том виде, в каком существовала раньше. Нравы монахов Заоникиевского монастыря были тогда не высоки. Когда между братий произошли распри, часовня была разрушена и разметана, некоторые бревна ее сожжены; решетка же, окружавшая могилу святого, брошена была под трапезу. Прошло некоторое время, часовню восстановили в третий раз, но в худшем виде: кое-как из старого леса, без окон и дверей, более низкую – «не яко молитвенный дом, но яко непотребную хлевину». Могила же преподобного по-прежнему находилась в совершенном запустении. И опять совершилось чудо. Когда во время одного праздника в обитель собралось много народа, некоторые богомольцы, за неимением места в монастыре, ночевали в часовне. Случилось, что одна женщина, спавшая на самой могиле святого, вдруг неистово закричала: «Оставь меня, отче, не бей, ибо в неведении я легла на твою ногу». Спавшие богомольцы вскочили и стали женщину спрашивать, что с ней случилось, и она отвечала: «Этот монах бьет меня жезлом, так как я легла на его ноги». Слышавшие недоумевали, ибо никого не видели. «И сие чудо не памятно паки положиша» – оно не вразумило иноков, не внушило им почтения к святому месту, хотя об этом чуде много говорили в городе Вологде. Наконец, епископ Вологодский Павел (1716–1725), вологодский уроженец, бывший до святительства священником в Вологде и потому много слышавший о чудесах от святой иконы и о богоугодной жизни преподобного Иосифа, установил ему местное празднование. Он благословил служить преподобному Иосифу молебны, составить ему службу, которая и написана была по образцу службы преподобному Галактиону Вологодскому (память 24 сентября/7 октября). В Заоникиевскую пустынь епископ Павел послал в 1717 году строителем иеромонаха Анастасия. Исполняя святительскую волю, Анастасий поставил над гробом преподобного новую и хорошую часовню, украсил могилу пеленою и стал совершать преподобному Иосифу молебны. Верующие устремились в Заоникиевскую обитель ко гробу новопрославленного угодника Божия. На их приношения украшена икона Божией Матери, а на гробницу преподобного положена новая пелена, шелковая с золотыми украшениями. Вскоре решено было построить над гробом преподобного Иосифа храм вместо часовни и начать сбор пожертвований. В том же 1717 году одному из братий Заоникиевской обители таинственный голос повелел отыскать и положить при гробе власяницу преподобного. Ее нашли и положили, и с того времени она стала служить источником исцелений для верующих. Так Господь возвеличил и прославил Своего угодника.