Вскоре после того, как немецкие войска вошли в Умань, они обнародовали доказательство злодеяний большевиков. В доказательство этого жителям города были предъявлены трупы расстрелянных, извлеченные из подземелий. Тогда к уманской тюрьме начали сходиться и съезжаться жители города и окрестных сел, потерявшие родных и близких накануне и в годы войны. По каким-то приметам они узнавали родных, близких и односельчан, арестованных органами ГПУ в начале 1941 года. Информация о расстрелах органами НКВД в уманской тюрьме заключенных была широко освещена германской прессой.

Всего из 78 тюрем УССР в 1941 году было эвакуировано 45 569 человек, расстреляно в тюрьмах – 8789 человек, убито при попытке побега – 48 человек, расстреляно конвоем в пути при подавлении бунта и сопротивления – 123 человека, незаконно расстреляно конвоем в пути – 55 человек, оставлено немцам – 3536 человек.

При расстрелах органы НКВД вначале применяли привычную для них практику – осужденных индивидуально, в специальной камере расстреливали выстрелом в затылок. Когда приближался фронт, а планы не были выполнены, начали расстреливавать массово: сгоняли заключенных в камеры подвалов и через дверцу для передачи пищи стреляли из автоматического оружия. В последние дни – бросали в камеры гранаты. Практиковали и такой способ: открывали двери камер, заключенные выходили в коридор, думая, что их увольняют, и в этот момент их расстреливали из автоматического оружия.

Остро стояла задача, как избавляться от тел расстрелянных. Вначале тела вывозили грузовиками и хоронили в специальных местах. Однако перед самым приходом немцев чекисты, спеша, хоронили убитых во дворах и подвалах тюрем. В официальных документах НКВД эти действия именовались как «разгрузка тюрем» или «убытие по 1-й категории». В последующем раскопки этих массовых захоронений стали хорошим материалом для нацистской пропаганды.

Таким образом, в начале Великой Отечественной войны из западных регионов СССР пришлось срочно эвакуировать 272 тюрьмы, в которых содержалось 141 527 человек. Эвакуация контингента сопровождалась людскими потерями. В ходе ее осуществления по различным причинам выбыло около 43 тыс. человек, в том числе: остались невывезенными – 21 504, освобождены при эвакуации – 7444, бежали при бомбежках – 819, бежали из-под конвоя – 264, погибли при бомбежках – 23, убиты при попытке к бегству – 59, освобождены налетом банды – 346, расстреляны в тюрьмах – 9817, расстреляны конвоем в пути следования при подавлении бунта и сопротивления – 674, незаконно расстреляны конвоем в пути – 769, умерли в пути следования – 1057 человек.

Расстрелы заключенных имели место и в тюрьмах, расположенных на территории РСФСР. Так известно, что 11 сентября 1941 года в Медведевском лесу, в 10 километрах от города Орла, сотрудники НКВД расстреляли 157 заключенных, содержавшихся в местной тюрьме. Данный расстрел произошел более чем за три недели до взятия Орла немцами. Основанием этого расстрела стала докладная записка Берии Сталину от 6 сентября 1941 года. В ней указывалось: «Некоторая – наиболее озлобленная часть содержащихся в местах заключения НКВД государственных преступников ведет среди заключенных пораженческую агитацию и пытается подготовить побеги для возобновления подрывной работы. Представляя при этом список на 170 заключенных, разновременно осужденных за террористическую, шпионско-диверсионную и иную контрреволюционную работу, НКВД СССР считает необходимым применить к ним высшую меру наказания – расстрел».