Во время Реформации в Женеве проект церковного переустройства был реализован. В его основе лежала общинная структура, которая предполагала наличие в каждой общине четырех должностей: учителя, пастора, пресвитера, или старейшины, и дьякона236. Ключевую роль играли пасторы, хотя важное место отводилось также старейшине и дьякону, дополнявшим пастора; эти должности занимали прихожане. В то время, как дьяконы осуществляли заботу о бедных, старейшины вместе с пасторами следили за церковной дисциплиной и занимались так называемым «надзором за грехами», т.е. настойчиво вмешивались во внутренние дела общины, требуя единообразия в нормах поведения, что могло распространяться даже на самую личную сферу. Тот, кто вёл себя не в соответствии с требованиями конформности, мог быть вызван в церковный совет или даже, в особых случаях, лишен причастия237. С теологической точки зрения, за этим не стояло каких-то устойчивых представлений о нормах благочестия, это было скорее символическое понимание праведного образа жизни, соответствуя которому можно было достичь избранности. Избранный добросовестно следовал при жизни божественным законам. При этом акцент ставился очень чётко на суверенитет и всемогущество Бога, что позволило ученикам и последователям Кальвина выстроить учение о предопределении, т.е. представление о том, что по воле Божьей с давних пор определены праведники и обреченные238.

Во Франции, как и в Нидерландах, организация общин реформатов и создание надрегиональных структур шли по пути принятия теологии и церковных принципов Кальвина. Таким образом, с 1540-х гг. четкая реформаторская теология женевского образца вытеснила слабые евангелические лютеровские начинания. Французский протестантизм получил однозначно кальвинистскую форму239, благодаря разработанному Кальвином вероисповеданию, которое, как Confessio Gallicana, было принято национальным синодом в 1559 г. и подтверждено национальным синодом, проходившим в 1571 г. в Ла Рошели. Уже с 40-х гг. XVI в. учение Кальвина заняло господствующее положение по отношению к существовавшим ранее лютеровским течениям240. Кальвину принадлежит и проект церковного уложения Discipline Ecclesiastique des Eglises Reformees de France, который был принят первым национальным синодом в 1559 г. Позже он превратился в текст, состоящий из 14 глав241. Церковное уложение вводило должности проповедников, старейшин и дьяконов, которые отвечали за церковные службы и церковное хозяйство, руководство церковью, а также за заботу о бедных. Старейшины и дьяконы избирались из отцов семейств общины, новые члены в дальнейшем кооптировались. Проповедники, напротив, назначались синодом, но не могли быть навязаны общине242. В отличие от пасторской системы Женевы, своеобразным французским нововведением стало появление пресвитерски-синодального церковного порядка243. Проповедники, старейшины и дьяконы совместно образовывали пресвитерство, которое во французском церковном уложении обозначалось как Consistoire244 (консистория). В качестве высших органов функционировали регулярно собиравшиеся окружные и провинциальные синоды, на которые каждая община посылала своих делегатов, а также, при необходимости, национальные синоды245. Такие синоды решали дела, значение которых выходило за рамки одной общины, и обеспечивали единство реформированной церкви Франции. Теоретически общины и синоды сами занимались собственным управлением и обходились без участия светской администрации в решении своих проблем. Это отличало французскую реформированную церковь от институций Кальвина в Женеве, где церковь, руководимая пасторами, могла опереться на магистрат городской республики