Ранее, в 1944 г., в поле зрения ФБР оказался нелегал ГРУ Артур А. Адамс, который активно занимался сбором информации по созданию атомного оружия. Ему пришлось прервать контакты со своими источниками и в 1946 г. срочно выехать из США. Один из ведущих специалистов США лингвист и криптограф Мередит Гарднер сумел прочесть ряд телеграмм резидентуры Первого управления, содержащих список ученых-атомщиков. Это позволило ФБР не только выявить имена агентов, но и начать их судебное преследование. Значительный ущерб деятельности советской разведки нанесли в 1946–1953 гг. сами главные потребители получаемой информации – И. В. Сталин и В. М. Молотов, которые инициировали в 1947 г. кардинальную перестройку ведомств, отвечающих за указанную сферу. Стремление сконцентрировать получение и обработку информации в рамках одного ведомства, повысить оперативность ее поступления и усилить личный контроль за деятельностью разведки привело практически к полной замене руководства ПГУ. 30 сентября 1947 г. был создан Комитет Информации при Совете Министров СССР, который объединил выведенные из состава МГБ и военного министерства ПГУ и ГРУ. Первым главой КИ был назначен Молотов (впоследствии – А. Я. Вышинский, В. А. Зорин, Я. А. Малик), всей же практической работой руководил генерал-лейтенант П. В. Федотов. Представителями Комитета Информации на местах (главными резидентами) были назначены послы СССР, а их эаместителями стали резиденты бывшего ПГУ и ГРУ. Одновременно было принято решение оставить в структуре МГБ и Военного министерства специальные службы разведки и диверсионной деятельности на случай локальных военных конфликтов или большой войны в Европе, на Балканах, Ближнем и Дальнем Востоке. Еще одним нововведением стало создание по инициативе министра МГБ В. С. Абакумова в рамках его ведомства специальных Бюро № 1 и 2. Задачами первого из них были подготовка и проведение диверсий на важных военно-стратегических объектах и коммуникациях на территории главных агрессивных государств – США и Англии, а также на территории других капиталистических стран, используемых главными агрессорами против СССР; проведение активных действий (актов террора) в отношении наиболее активных и злобных врагов Советского Союза из числа деятелей капиталистических стран, особо опасных иностранных разведчиков, главарей антисоветских эмигрантских организаций и изменников Родины Через три года Бюро № 1 было преобразовано в 12-й спецотдел при Втором Главном (разведывательном) управлении МВД СССР. Задачей Спецбюро № 2 было выполнение специальных заданий внутри Советского Союза, проводимых отдельными лицами, по пресечению вражеской деятельности особыми способами, а также подбор, воспитание, обучение и тренировка работников и агентуры бюро. Вне рамок Комитета Информации, помимо специальных разведывательных подразделений, оставшихся в структурах МГБ и военного министерства, Бюро № 1 и 2, продолжали заниматься в 1947–1953 гг. сбором различного рода информации Главное управление Пограничных войск, НИИ- 100 и Отдел международной информации ЦК КПСС.

Так, попытка создать аналог ЦРУ не удалась, КИ не стал подлинным центром координации разведывательной деятельности, обработки и анализа всей поступавшей в СССР разведывательной информации и не оправдал возлагавшихся на него надежд. Распыление сил и средств, разделение одних и тех же функций и задач между несколькими параллельно действующими ведомствами и учреждениями, раздел агентурного аппарата не могли не оказать негативного влияния на деятельность советских разведок в самых различных регионах мира. Поэтому неудивительно, что примерно через десять месяцев после создания Комитета информации Генеральному штабу удалось убедить Сталина в необходимости вернуть военную разведку вооруженным силам. После ухода военных разведчиков Комитет информации был «понижен в ранге» и стал, по сути дела, придатком Министерства иностранных дел. В конце 1951 г. Сталин принял решение о том, чтобы вся оперативная разведка была вновь сосредоточена в руках ГРУ и нового Первого Главного управления МГБ. Еще через два года были упразднены Бюро № 1 и 2.